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lindlar0078木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
單機(jī)上（雙CPU），Materials Studio 6.0 單核可以計(jì)算，但是無(wú)法并行計(jì)算，啥問(wèn)題呀
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前兩天已經(jīng)成功安裝了Materials Studio 6.0，但是不小心系統(tǒng)崩潰，重新安裝系統(tǒng)及編譯器后就發(fā)現(xiàn)，無(wú)法并行計(jì)算，但是單核可以計(jì)算，一直未找到問(wèn)題所在，請(qǐng)問(wèn)如何解決？（把openmpi-1.6.2從換為低版本openmpi-1.6.1也不行） 下面是詳細(xì)安裝過(guò)程： 一、安裝的系統(tǒng)為 SUSE Linux Enterprise Server 11 SP2 [root]$ zypper install gcc-c++ （解決c++安裝時(shí)無(wú)g++問(wèn)題 ） 二、安裝最新Intel的C++和Fortran編譯器 1、c++安裝(默認(rèn)安裝在/opt/下) [root]$ tar -zxvf ***** ./install.sh (后面按照提示即可，后面與Fortran一起設(shè)置環(huán)境變量) 2、Fortran安裝(默認(rèn)安裝在/opt/下) [root]$ tar -zxvf ***** ./install.sh 3、環(huán)境變量設(shè)置 [root]$ vi /etc/profile source /opt/intel/bin/iccvars.sh intel64 source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64 export MKL_HDME=/opt/intel/mkl export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/lib/intel64 [root]$ source /etc/profile 三、安裝openmpi-1.6.2（先安裝為openmpi-1.6.2，后來(lái)改為openmpi-1.6.1） [root]$ tar -zxvf ****** [root]$ ./configure --prefix=/opt/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort [root]$ make all [root]$ make install [root]$ make clean [root]$ vi /etc/profile export PATH=/opt/openmpi-1.6.1/bin/:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi-1.6.1/lib [root]$ source /etc/profile 四、安裝Materials Studio 6.0 安裝補(bǔ)丁: glibc-2.11.1-0.17.4 (32-bit and 64-bit)，libstdc++33-32bit-3.3.3-11.9 1、在msi用戶下安裝 [msi]$ ./Install 2、導(dǎo)入證書(shū) msi.lic 將msi.lic 復(fù)制到 /home/msi/opt/Accelrys/LicensePack/Licenses 3、啟動(dòng)網(wǎng)關(guān) 進(jìn)入/home/msi/opt/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Gateway，執(zhí)行 ./msgateway_control_18888 restart 將Gateway注冊(cè)為自動(dòng)啟動(dòng)服務(wù)，可執(zhí)行下面的命令：在root下 cp /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/init.d/msgateway_control_18888 chkconfig --add msgateway_control_18888 4、設(shè)置環(huán)境變量 [msi]$ vi ~/.bashrc export MS_INSTALL_ROOT=/home/msi/opt/Accelrys/MaterialsStudio6.0 export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=~/scratch export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/msi/opt/Accelrys/LicensePack/linux/lib/ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib export TMPDIR=$DMOL_TMP export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin . /home/msi/opt/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profile eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT/ -s sh` [msi]$ source ~/.bashrc 經(jīng)過(guò)測(cè)試，在工作目錄下[msi]$ RunCASTEP.sh filename正常，但是RunCASTEP.sh -np -12 filename 無(wú)法運(yùn)行 |
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2樓2012-10-01 15:28:24
lindlar0078
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3樓2012-10-01 19:03:40
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