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你們做蛋白質(zhì)同源進化樹一般怎么選序列��？
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初次做進化樹遇到不少疑問 1.一條蛋白序列用blastp找到400多條序列，要選多少個比較合適呢，而且選擇的原則是什么�。� 2.有些序列一樣但是又被標記成幾條序列是怎么回事？ 3.怎么看是不是全長序列，假想蛋白要不要選？ |
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tu475575025
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2樓2012-10-07 15:03:00
nymphpolly
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3樓2012-10-08 13:50:58
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【答案】應助回帖
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1. about 30-50 sequences, actually it mainly depends on taxonomy. 2. It could be several reasons, e.g. different splicing pattern 3. I always use curated proteins (from swissprot), not predicted (from trembl). full length is not always important and can be found in the description field |
4樓2012-10-23 17:27:00
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