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[求助]
amber跑蛋白復(fù)合物動力學(xué)前，小分子用高斯如何處理
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| 想練習(xí)下用amber跑蛋白小分子復(fù)合物的動力學(xué)過程，因為amber中沒有小分子的參數(shù)信息，需要自己設(shè)置。請問用gaussian需要做哪些處理呢？ |
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 amber |
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wangyan10
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【答案】應(yīng)助回帖
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| 小分子的信息在AMBER力場中沒有的，需要用amber自帶的antechamber模塊進行小分子力場的構(gòu)建，如果不成功的話，就需要考慮用GAUSSIAN來進行構(gòu)建小分子力場了。具體做法論壇上有，請參看這篇帖子http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985 |
2樓2012-10-09 09:04:51
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gaussian計算的輸入文件可以用antechamber程序直接生成，生成后去掉其中關(guān)于幾何優(yōu)化的參數(shù)即可將小分子優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)存儲為mol2各式，上傳到工作目錄，用antechamber程序生成gaussian輸入文件，命令如下：antechamber -i 49.mol2 -fi mol2 -o 49.in -fo gzmat這樣可以生成49.in文件，下載到windows環(huán)境，運行g(shù)aussian計算這個文件，如果發(fā)現(xiàn)計算時間過長或者內(nèi)存不足計算中斷，可以修改文件選擇小一些的基組。 請問最后一句，如果在服務(wù)器中進行g(shù)aussian計算，具體命令是什么呢？ |
3樓2012-10-09 10:42:08
wangyan10
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4樓2012-10-09 10:53:56
5樓2012-10-09 17:06:33
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6樓2012-10-09 20:18:38
7樓2012-10-09 20:54:55
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8樓2012-10-09 21:39:32
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