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songzi1030新蟲 (初入文壇)
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Affymetrix推出新版人類全轉(zhuǎn)錄本表達譜芯片 高度覆蓋lincRNA 已有2人參與
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lincRNA是一類位于編碼蛋白基因之間，長度超過200nt的長鏈非編碼RNA。為了滿足研究者對于轉(zhuǎn)錄本的研究需要，Affymetrix設(shè)計了新一代全轉(zhuǎn)錄本芯片，GeneChip® Human Gene 2.0 ST Array，在一張芯片上可以同時檢測mRNA和lincRNA 在過去20年間的研究中，RNA研究的主要方向多關(guān)注于編碼蛋白的mRNA及其在細胞過程中的功能，比如疾病和發(fā)育等。但是隨著研究的不斷深入，研究者陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了多種非編碼RNA在生命過程中起著重要的調(diào)控作用，例如microRNA，siRNA，piRNA以及眾多長片段非編碼RNA。最近，研究人員逐漸認(rèn)識到人類基因組中有至少10000個不編碼蛋白的轉(zhuǎn)錄本，其長度在200個堿基以上，這一類非編碼RNA被定義為長鏈基因間非編碼RNA，long intergenic non-conding RNA(lincRNA)。到目前為止，只有其中的一小部分具有功能注釋。 lincRNA是一類位于編碼蛋白基因之間，長度超過200nt的長鏈非編碼RNA。lincRNAs起初被認(rèn)為是基因組轉(zhuǎn)錄的“噪音”，是RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄的副產(chǎn)物，不具有生物學(xué)功能。 然而，近期在轉(zhuǎn)錄組分析中的進展表明lincRNAs與多種細胞功能有密切關(guān)系。比如： 調(diào)控mRNA轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄修飾 阻塞/啟動轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合 激活和轉(zhuǎn)運轉(zhuǎn)錄因子 與輔助蛋白結(jié)合 近年來的研究表明，這些lincRNA在疾�。òò┌Y）的發(fā)生和發(fā)展過程中起著十分重要的作用。像miRNA一樣， lincRNA 在疾病診斷和治療上也代表了另一個重要的分子來源。lincRNA表達水平上的差異或某些癌癥類型特異型lincRNA的表達，可作為腫瘤診斷和治療的新分子標(biāo)志物。例如lincRNA DD3( 也稱PCA3)已被定位前列腺癌高度特異的核酸分子標(biāo)志物，其特異性高于血清前列腺癌特異性抗原( PSA)。還有研究發(fā)現(xiàn)，lincRNA可能與大腦發(fā)育，調(diào)節(jié)精子成熟，神經(jīng)退行性疾病等過程密切相關(guān)。 為了滿足研究者對于轉(zhuǎn)錄本的研究需要，Affymetrix設(shè)計了新一代全轉(zhuǎn)錄本芯片，GeneChip® Human Gene 2.0 ST Array，在一張芯片上可以同時檢測mRNA和lincRNA。在其上一代1.0 ST Array的基礎(chǔ)上，該芯片內(nèi)容進一步豐富并更新數(shù)據(jù)庫，2.0 ST Array有更多的優(yōu)點： 1. 全面覆蓋轉(zhuǎn)錄組，可以同時檢測>30,000個編碼的轉(zhuǎn)錄本和>11,000個長鏈非編碼轉(zhuǎn)錄本 2. 探針設(shè)計最大程度覆蓋所有外顯子，可檢測選擇性拼接/轉(zhuǎn)錄本變體。每個轉(zhuǎn)錄本覆蓋特異探針的數(shù)目中值達到21種，每種探針的長度為25bp，這意味著每個轉(zhuǎn)錄本將被檢測的堿基數(shù)中值高達525個。高度的覆蓋度將為使用者提供優(yōu)異的表現(xiàn)和數(shù)據(jù)可靠性。 3. 重復(fù)性高：信號相關(guān)系數(shù)≥0.99 4. 靈敏度高：在1:100K vs 1:200K的分子濃度下檢測出這種2倍的表達差異 5. 數(shù)據(jù)庫更新： RefSeq(release 51) Ensembl (release 65) lncRNA db 2011 Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog 2011 通過此芯片檢測，研究者可以對目前所有已知的人類lincRNA進行檢測，能夠快速高通量的獲得與特定生物學(xué)過程或疾病相關(guān)的lincRNA的表達變化，以及在其調(diào)控下，mRNA表達的差異。在一張芯片上研究人員可以同時進行兩個水平的研究，提高研究效率，進一步闡明這些lincRNA的生物學(xué)功能以及發(fā)現(xiàn)特定疾病的分子標(biāo)志物。 另外，除了人的Gene 2.0 ST Array以外，Affymetrix還將推出小鼠，大鼠，倉鼠，線蟲，果蠅等多種模式生物的Gene 2.0 ST Array，其中小鼠的芯片可以檢測1200多條lincRNA。除此以外，還有多種動植物全轉(zhuǎn)錄本芯片也即將升級至2.0版本。 |
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2樓2014-08-12 20:22:43
武穆大成
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3樓2015-07-02 22:19:47
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