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[求助]
trjconv把分子移到水盒子內(nèi)部
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想把分子移到水盒子內(nèi)部，用這個(gè)命令 trjconv -f in.trr -s topol.tpr -pbc mol -center -o out.trr 單分子還是有露在box外面的部分，請問如何把分子全都整進(jìn)去��？請說詳細(xì)點(diǎn)兒，謝謝！ 之前發(fā)了個(gè)求助帖子，但后來不能網(wǎng)上傳圖了，不夠形象，現(xiàn)在配上圖，麻煩高手回復(fù)一下，謝謝！ tu.jpg |
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lujunyan1118
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- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
2樓2012-10-29 20:19:14
【答案】應(yīng)助回帖
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幾個(gè)問題： 1、根據(jù)你的命令來看，圖應(yīng)該是你運(yùn)行一段時(shí)間之后的軌跡吧？你是否使用的是周期邊界調(diào)節(jié)？如果是的話，那個(gè)分子顯示在盒子外面是正常的。 2、如果你強(qiáng)制人工把分子移動(dòng)到盒子里面，可能會(huì)引起 bad contact ，引起運(yùn)行出錯(cuò)。 3、不妨把盒子設(shè)置大一些，多添加些水，然后把分子放在中間 ps： 在VMD中輸入命令： package require pbctools pbc box 可以把盒子顯示出來，這樣方便你調(diào)節(jié)分子在盒子中的位置。 |
3樓2012-10-30 09:52:53
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