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taylorwang

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[求助] 用SMD算溶劑下單點(diǎn)能，自由能應(yīng)該用哪個(gè)

我使用的是Gaussian 09，我在氣相做了opt freq之后，取了優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)（最后一個(gè)）做了溶劑中的單點(diǎn)能計(jì)算
輸入文件我這樣寫的
%chk=smd-eigth.chk
%mem=1200mb
%nprocshared=8
#p b3lyp/gen scrf(solvent=1,4-dioxane,smd,dovacuum,externaliteration) nosymm

Title Card Required

算完之后高斯的.log文件里能量有好幾個(gè)，我該取哪個(gè)，然后和氣相里的哪個(gè)數(shù)據(jù)加減，得到溶劑下的Gibbs自由能呢
以下是算溶劑下單點(diǎn)能的.log文件里的，我摘了幾段

SCF Done:  E(RB3LYP) =  -756.550033126    A.U. after 14 cycles
         Convg  = 0.5789D-08          -V/T =  2.0036
KE= 7.538468931103D+02 PE=-3.324979693767D+03 EE= 1.038308897138D+03
Leave Link  502 at Mon Oct 15 11:32:28 2012, MaxMem=  157286400 cpu:    589.7
(Enter /public1/Gauss09.A02/g09/l601.exe)

(Enter /public1/Gauss09.A02/g09/l124.exe)
SC-PCM: Using the SCF density.
SC-PCM: The equilibrium contribution to the free energy is -0.005315010 a.u.
SC-PCM: The total energy including the PCM contribution is    -756.555051050 a.u.
SC-PCM: Erms=  0.14603D-07 Emax=  0.60232D-07 Qconv=  0.10000D-06
SC-PCM: Convergence achieved in 5 iterations.
SC-PCM: The reaction field is now self-consistent.
Error on total polarization charges =  0.03473
--------------------------------------------------------------------
Self-consistent PCM results
===========================
                  (a.u.) = -756.550033
                  (a.u.) = -756.554778
                  (a.u.) = -756.555051
                  (a.u.) = -756.549736
                  (a.u.) = -756.555051
Total free energy in solution:
- with all non electrostatic terms          (a.u.) = -756.554983
--------------------------------------------------------------------
(Unpolarized solute)-Solvent          (kcal/mol) =    -2.98
(Polarized solute)-Solvent             (kcal/mol) =    -3.34
Solute polarization                   (kcal/mol) =    0.19
Total electrostatic                   (kcal/mol) =    -3.15
--------------------------------------------------------------------
SMD-CDS (non-electrostatic) energy          (kcal/mol) =    0.04
(included in total energy above)
Total non electrostatic                (kcal/mol) =    0.04
DeltaG (solv)                         (kcal/mol) =    -3.11
--------------------------------------------------------------------
Dipole moment (Debye):
in vacuo : X=  0.5513 Y=  0.1401 Z=  0.0640 Tot=  0.5724
in solution : X=  0.6048 Y=  0.1194 Z=  0.0748 Tot=  0.6210
--------------------------------------------------------------------

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1樓 2012-10-17 08:05:12

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jiameiye

禁蟲 (職業(yè)作家)

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2樓2012-10-18 16:32:04

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taylorwang

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2樓: Originally posted by jiameiye at 2012-10-18 16:32:04
用這個(gè)“Total free energy in solution:
- with all non electrostatic terms (a.u.) = -756.554983” 減去氣相中的G298 就是溶劑化吉布斯自由能值

氣相里我只是做了opt和freq
.log文件里有
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -756.550033010    A.U. after 9 cycles
         Convg  = 0.5311D-08          -V/T =  2.0036
KE= 7.538467221087D+02 PE=-3.324966663974D+03 EE= 1.038302468960D+03

Rotational temperatures (Kelvin)    0.06798    0.01256    0.01246
Rotational constants (GHZ):          1.41645    0.26171    0.25964
Zero-point vibrational energy    629099.4 (Joules/Mol)
                              150.35837 (Kcal/Mol)

Zero-point correction=                         0.239611 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                   0.255306
Thermal correction to Enthalpy=                0.256250
Thermal correction to Gibbs Free Energy=       0.194049
Sum of electronic and zero-point Energies=          -756.310422
Sum of electronic and thermal Energies=             -756.294727
Sum of electronic and thermal Enthalpies=          -756.293783
Sum of electronic and thermal Free Energies=       -756.355984
氣相里應(yīng)該用哪個(gè)？是用0.194049嗎？結(jié)果是-756.554983+0.194049 這樣對(duì)嗎？

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3樓2012-10-19 10:39:39

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emmaxue

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引用回帖:

3樓: Originally posted by taylorwang at 2012-10-19 10:39:39
氣相里我只是做了opt和freq
.log文件里有
SCF Done: E(RB3LYP) = -756.550033010 A.U. after 9 cycles
Convg = 0.5311D-08 -V/T = 2.0036
KE= 7.538467221087D+02 P ...

就用這個(gè)Sum of electronic and thermal Energies=-756.294727就好了。我一般計(jì)算的時(shí)候都是用這個(gè)計(jì)算的。

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itisnotprettysimple.

4樓2012-10-19 15:37:35

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liweiyi123456

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【答案】應(yīng)助回帖

Total free energy in solution:

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taylorwang

5樓2012-10-21 18:02:21

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taylorwang

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5樓: Originally posted by liweiyi123456 at 2012-10-21 18:02:21
Total free energy in solution:

我也想就用這個(gè)，但師姐說她曾看過有人說直接用這個(gè)有點(diǎn)問題。他們用過PCM模型的或者用G03的都是氣相里取某個(gè)數(shù)加上溶劑里取某個(gè)數(shù)才得到的，G09這里直接合出來的這個(gè)我不知是不是就是已經(jīng)經(jīng)過校正的可以直接拿來用的了。

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6樓2012-10-22 18:23:26

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謝謝
但那得出來的不就是DeltaG 了嗎？我是想要可以畫勢(shì)能面的Gibbs自由能（在溶劑下的），而不是要溶劑化作用對(duì)自由能的改變（校正）
而且G09里有個(gè)DeltaG，它是什么意思��？

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7樓2012-10-22 18:34:15

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

6樓: Originally posted by taylorwang at 2012-10-22 18:23:26
我也想就用這個(gè)，但師姐說她曾看過有人說直接用這個(gè)有點(diǎn)問題。他們用過PCM模型的或者用G03的都是氣相里取某個(gè)數(shù)加上溶劑里取某個(gè)數(shù)才得到的，G09這里直接合出來的這個(gè)我不知是不是就是已經(jīng)經(jīng)過校正的可以直接拿來用 ...

高斯09已經(jīng)矯正過了直接用就可以了，03是不能用了

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taylorwang

8樓2012-10-23 09:13:57

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引用回帖:

8樓: Originally posted by liweiyi123456 at 2012-10-23 09:13:57
高斯09已經(jīng)矯正過了直接用就可以了，03是不能用了...

哦那我就用了啊謝謝

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9樓2012-10-23 15:24:27

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