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caochen

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[求助] 請(qǐng)問(wèn)如何將多聚體分開(kāi)

有一個(gè)pdb文件,是一個(gè)6聚體,對(duì)接的時(shí)候太卡了,想把這6聚體分開(kāi),只對(duì)接其中一個(gè)蛋白,請(qǐng)問(wèn)什么軟件可以做到?

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祭奠

1樓 2012-10-23 20:40:39

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引用回帖:

2樓: Originally posted by zh1987hs at 2012-10-23 22:34:19
MVD或者pymol都可以做到~呵呵~~

pymol如何做到,能詳細(xì)說(shuō)明下么.分?jǐn)?shù)給你

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祭奠

4樓2012-10-24 18:43:46

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zh1987hs

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jiaoyixiong: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2012-10-24 05:41:08

MVD或者pymol都可以做到~呵呵~~

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2樓2012-10-23 22:34:19

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jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流，你也可以把你選擇的過(guò)程使用tcl腳本來(lái)實(shí)現(xiàn)，更加方便也利用下次使用 2012-10-24 09:51:45

我一般用VMD
用VMD打開(kāi)一個(gè)pdb以后，在Representations 里的Selected Atoms 寫(xiě)上你要輸出的部分，然后 Save coordinates，可以選很多輸出格式。

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3樓2012-10-24 08:49:05

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zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-26 17:24:33

1.pymol打開(kāi)PDB文件
2.點(diǎn)右下角的S，顯示出序列
3.右下角倒數(shù)第三行 selecting 選擇chains
4.pymol上方顯示的序列前會(huì)標(biāo)識(shí)出生是那條chain，此時(shí)選中單條chain的一個(gè)殘基，就能選中整條鏈，然后刪除。

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5樓2013-01-25 19:10:57

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