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[求助]
position restraints
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| 想在Gromacs做MD的時候，限制分子的運(yùn)動。我的分子是個寡聚物，想限制兩端的兩個原子，如何具體操作？請寫詳細(xì)點(diǎn)兒，謝謝哈！ |
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wangyan10
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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2樓2012-10-26 18:11:34
wenmei
新蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2012-11-19 13:44:19
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2012-11-19 13:44:19
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你在ndx文件中，將要固定的兩原子寫一個組里（如a_1）或者分別寫在兩個組。你在mdp文件中，將組的名稱寫在freezegrps=之后;在如果x，y，z三個方向全固定，則freezedim=Y Y Y ；如果想固定某一方向，可以自己設(shè)置。如只固定y方向，則=N Y N；具體操作過程 根據(jù)提示 大該就這么回事 Non-equilibrium MD stuff = acc-grps = accelerate = freezegrps = a_1 freezedim = Y Y Y cos-acceleration = |
3樓2012-11-19 09:46:44
469187892
銀蟲 (小有名氣)
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4樓2012-11-29 08:38:42
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