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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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[求助] 有做過基因預(yù)測的朋友嗎

用各種軟件把基因預(yù)測出來后，進(jìn)一步注釋功能，可是有很多雜亂的序列需要篩除，這個(gè)要怎么做呢，因?yàn)轭A(yù)測出來的基因太多了，篩過一遍還是留下很多

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1樓 2012-10-30 21:18:16

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wizardfan

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微笑生活: 金幣+10, ★有幫助 2012-11-05 21:35:12

不同軟件都有一定的正確率，像這種情況下，一般使用consensus結(jié)果。

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2樓2012-10-31 08:12:04

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robertorun

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微笑生活: 金幣+10 2012-11-05 21:35:35

evm或glean等整合

[ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ]

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3樓2012-11-03 12:31:06

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引用回帖:

2樓: Originally posted by wizardfan at 2012-10-31 08:12:04
不同軟件都有一定的正確率，像這種情況下，一般使用consensus結(jié)果。

謝謝，但是可能我表達(dá)得不清楚，我想問的是怎樣篩除預(yù)測出來的基因中那些假陽性的序列

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4樓2012-11-05 21:34:54

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3樓: Originally posted by robertorun at 2012-11-03 12:31:06
evm或glean等整合

謝謝，但是可能我表達(dá)得不清楚，我想問的是怎樣篩除預(yù)測出來的基因中那些假陽性的序列

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5樓2012-11-05 21:35:29

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wizardfan

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

4樓: Originally posted by 微笑生活 at 2012-11-05 21:34:54
謝謝，但是可能我表達(dá)得不清楚，我想問的是怎樣篩除預(yù)測出來的基因中那些假陽性的序列...

consensus result means all tools you use agree with that result, therefore the consensus result should be the most reliable result. Then remove the rest.
For example, you use 5 tools:
A predict a b c
B predict b c
C predict a b d
D predict b c d
E predict b e
In this case result b will be kept and all other result a, c, d, e will be removed.

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6樓2012-11-05 22:37:07

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6樓: Originally posted by wizardfan at 2012-11-05 22:37:07
consensus result means all tools you use agree with that result, therefore the consensus result should be the most reliable result. Then remove the rest.
For example, you use 5 tools:
A predict a ...

嗯，謝謝，我明白你的意思，能不能請教點(diǎn)具體的，
比如說我用Pfam來注釋基因，用什么標(biāo)準(zhǔn)來確定哪些基因該保留，那些該舍棄呢，是e值，還是只要能注釋出來的都算呢

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7樓2012-11-06 09:08:21

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7樓: Originally posted by 微笑生活 at 2012-11-06 09:08:21
嗯，謝謝，我明白你的意思，能不能請教點(diǎn)具體的，
比如說我用Pfam來注釋基因，用什么標(biāo)準(zhǔn)來確定哪些基因該保留，那些該舍棄呢，是e值，還是只要能注釋出來的都算呢...

if you have some measurement like e-value or p-value which estimate the significance of the prediction, using them is a clever way.
Note: there is no comparison between e- or p- values from different tools

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8樓2012-11-06 20:28:15

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有整合軟件如Maker PASA等，但是這些軟件也有問題，比如MAKER會(huì)刪除很多實(shí)際存在的基因。

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9樓2012-11-14 00:10:09

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9樓: Originally posted by xj8442cn at 2012-11-14 00:10:09
有整合軟件如Maker PASA等，但是這些軟件也有問題，比如MAKER會(huì)刪除很多實(shí)際存在的基因。

看來你有經(jīng)驗(yàn)啊

對于partial sequences，不知道該怎么處理呢
我看到有文獻(xiàn)對于短于80%或者多少的序列進(jìn)行刪除，
可那樣也會(huì)刪掉一些本來存在的基因

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10樓2012-11-14 17:40:37

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