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克隆后所得到的結(jié)果序列比較多，相同的序列或差異性小于0.01有沒有軟件自動鑒別出來
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做了PCR克隆測序，有6個克隆文庫，每個克隆文庫里面有大概測序90個。這樣得到很多的序列。想問有沒有什么軟件可以篩選淘汰掉一些序列或者把一些類似差不多的序列劃到一起。因?yàn)镸EGA建樹的時候覺得這么多的序列建樹起來很龐大而且有大部分的序列進(jìn)化距離基本為0，也沒有必要。 用過DOTUR計算所得序列的OTU，比如怎么篩選掉相似度差異小于0.01或者0.03的序列。或者這樣的序列是不是可以把它作為一種基因類型來建樹。 所以試問有沒有某種軟件把差異小于0.01或者0.03的序列自動劃在一起，可以清晰的鑒別出來。難道只能用cluster W或者DNAMAN來比對一個一個比對來鑒別？ |
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yalong
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4樓2020-04-10 20:46:25
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