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[交流] Gromacs為什么小體系能跑通，放大體系之后就跑死了？

我的模型很簡(jiǎn)單。只有非鍵作用，小體系跑時(shí)，可以跑通，放大體系（密度不變），就會(huì)跑死，這是什么原因？
有時(shí)候，同樣的體系，褪火速率減慢也會(huì)跑死，這是為什么？
麻煩大家?guī)蛶兔�，這老死的，真是要崩潰了...

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1樓 2012-11-07 17:13:49

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jiaoyixiong

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yiran870804(金幣+1): 謝謝參與
jiaoyixiong: 回帖置頂 2012-11-08 08:10:50
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-11-08 12:06:51

幾點(diǎn)建議：
1、系統(tǒng)變大，大到什么程度？是不是你的計(jì)算機(jī)內(nèi)存不夠了？
2、是不是你建大體系的時(shí)候，模型有問(wèn)題？下次交流問(wèn)題的時(shí)候，最好把log文件里的錯(cuò)誤提示一起貼出來(lái)，方便大家?guī)湍阏业皆颉?br /> 3、求助帖子，建議不要設(shè)置成回帖就給金幣，這樣你看看你得到回復(fù)的效率并不高，可是設(shè)置成手動(dòng)給與金幣。

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yiran870804

30樓2012-11-07 20:27:39

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userhung

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yiran870804(金幣+1): 謝謝參與

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14樓2012-11-07 18:39:08

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yaozhq

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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
zh1987hs: 金幣+1, 謝謝 2012-11-08 19:28:17

果斷先看日志什么錯(cuò)誤導(dǎo)致的跑死呀這個(gè)都不放上來(lái) 讓大家?guī)湍悴旅矗?放大體系一般兩種可能資源不夠了不如內(nèi)存溢出第二種體系不合理某些參數(shù)超過(guò)容限錯(cuò)誤

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33樓2012-11-08 13:57:04

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引用回帖:

30樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-07 20:27:39
幾點(diǎn)建議：
1、系統(tǒng)變大，大到什么程度？是不是你的計(jì)算機(jī)內(nèi)存不夠了？
2、是不是你建大體系的時(shí)候，模型有問(wèn)題？下次交流問(wèn)題的時(shí)候，最好把log文件里的錯(cuò)誤提示一起貼出來(lái)，方便大家?guī)湍阏业皆颉?br /> 3、求助帖子 ...

1.我是在實(shí)驗(yàn)室的集群上跑的，內(nèi)存肯定夠
2.放大體系的時(shí)候，模型沒(méi)有改變，只是同樣倍數(shù)的增大了粒子數(shù)和空間體積（密度不變）
3.log里的錯(cuò)誤是

Program mdrun_mpi_v4, VERSION 4.0.7
Source code file: nsgrid.c, line: 357

Range checking error:
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter
errors that give particles very high velocities you might end up with some
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.
Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
energy seems reasonable before trying again.

Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 125 ]

大致意思就是，速度太快，能量太大吧，但是我小體系的時(shí)候，就沒(méi)有問(wèn)題啊

這是怎么回事

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34樓2012-11-08 16:18:11

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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2012-11-08 19:28:41

引用回帖:

34樓: Originally posted by yiran870804 at 2012-11-08 16:18:11
1.我是在實(shí)驗(yàn)室的集群上跑的，內(nèi)存肯定夠
2.放大體系的時(shí)候，模型沒(méi)有改變，只是同樣倍數(shù)的增大了粒子數(shù)和空間體積（密度不變）
3.log里的錯(cuò)誤是

Program mdrun_mpi_v4, VERSION 4.0.7
Source code file: ...

Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
energy seems reasonable before trying again.

你試試其他條件都不變，把你的gro文件中的周期邊界條件都稍稍增大 0.2 nm，然后把你的模擬體系調(diào)整到盒子的中心，再能量最小化，再你的后續(xù)模擬

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35樓2012-11-08 16:29:52

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羅藝青

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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

什么叫會(huì)跑死？？我的體系也是小體系能跑，大體系會(huì)報(bào)錯(cuò)

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37樓2018-08-14 12:18:19

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2012-11-07 17:29 回復(fù)

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