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454高通量測序取樣深度問題
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各位蟲友，本人現(xiàn)在委托公司進行環(huán)境樣本菌群結(jié)構(gòu)進行454高通量測序分析，要求樣本取樣深度為8000條reads，結(jié)果第一次測完以后，有相當一部分為樣本的reads僅2000－3000條， 重新補測，部分樣本還是只有4000條左右reads，現(xiàn)在公司認為兩條測序的reads數(shù)總和達到8000條即完成我的要求，認為同一個PCR產(chǎn)物測序得到的結(jié)果是可以疊加的，這個是大家公認的操作方式，而我認為應(yīng)該是單次取樣深度在8000條才代表原始樣本中所有的微生物種類。現(xiàn)在想請教下各位蟲友公司的這種操作方法是否可行？對我后續(xù)的結(jié)果分析有多大的影響? 另：像這樣反復(fù)測都reads數(shù)偏少的樣本，我是否應(yīng)該要求公司重新提取DNA進行PCR擴增后再測序？ 剛接觸454，有很多不懂，還請各位大俠多多指點，謝謝！ |
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