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gauss cube=(full,Cards) 的得到電子總數(shù) 不等于 原子總電子數(shù)目。
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我計算單個原子 Al 的電子分布情況， 輸入文件為： # b3lyp/3-21g cube=(full,cards) Title Card Required 0 2 Al 0. 0. 0. full.cube -1 -4.0495 -4.0495 -4.0495 64 0.130629 0.0 0.0 64 0.0 0.130629 0.0 64 0.0 0.0 0.130629 結(jié)果把 full.cube 中所用格點的電子密度積分后，發(fā)現(xiàn)電子總數(shù) 為27 ，比Al 原子電子總數(shù) 高出約 2倍。 請問 哪里出了問題？ 多謝您的關(guān)注和指點。 |
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5樓2012-11-25 10:12:04
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
nodding(金幣+1): 謝謝參與
nodding: 金幣+5 2012-11-25 12:17:03
gmy1990: 金幣+2 2012-11-26 09:41:59
nodding(金幣+1): 謝謝參與
nodding: 金幣+5 2012-11-25 12:17:03
gmy1990: 金幣+2 2012-11-26 09:41:59
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你如何把 full.cube 中所用格點的電子密度積分的？ cube已經(jīng)是離散的數(shù)字了，需要把每一個數(shù)字乘以微體積元，再將它們加和起來，就得到電子數(shù)。這在excel中很容易操作。 因為cube是用原子單位表示的，微體積元要用波爾為單位的數(shù)據(jù)。 如果用埃為單位的，數(shù)值就會差約一倍。你是否誤用了埃為單位的微體積元？ 在multiwfn的處理結(jié)果中，用波爾為單位的數(shù)據(jù)和用埃為單位的都列出了。 |
10樓2012-11-25 11:03:34
11樓2012-11-25 11:06:22
|
首先：多謝 zhou 版主 光顧 指點。 列出full.cbue 幾行數(shù)據(jù), 便于 高人 診斷 指點。 Title Card Required SCF Total Density 1 -7.652446 -7.652446 -7.652446 64 0.246853 0.000000 0.000000 64 0.000000 0.246853 0.000000 64 0.000000 0.000000 0.246853 13 13.000000 0.000000 0.000000 0.000000 9.58947E-12 1.54167E-11 2.44023E-11 3.80283E-11 5.83476E-11 8.81410E-11 1.31091E-10 1.91958E-10 2.76746E-10 3.92820E-10 5.48967E-10 7.55332E-10 1.02322E-09 1.36471E-09 1.79205E-09 2.31686E-09 2.94909E-09 3.69587E-09 full.cube 輸出按照 原子單位給出的。對應的 電荷密度 e/Bohr^3, 格點間隔為 bohr。 沒有 轉(zhuǎn)化為 埃 為單位。 我 按照 版主的 方法 積分的。首先用 full.cube 格點電荷密度 * 每格點的體積 即 0.246853^3， 然后 再求和，結(jié)果 為27.207. 這個數(shù)值還是不對啊。要不我附上 我的 full.cube 文件�？茨奖闾幚硪幌聠�？ full.cube(3.34MB) http://kuai.xunlei.com/d/GCVZLZQVYXAY?p=130497 [ Last edited by nodding on 2012-11-25 at 12:19 ] |
12樓2012-11-25 11:27:40
★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+3 2012-11-26 09:43:34
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+3 2012-11-26 09:43:34
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看來你的命令格式還有問題：cube=(full,cards)。 要算軌道用關(guān)鍵詞cube=(Orbitals,cards)；要算電子密度用cube=(density,cards)。 你現(xiàn)在并沒有算電子密度，怎么能計算電子數(shù)。 還有，算電子密度用cube=(density,cards)，在cube或cubegen計算中，程序默認density=scf，即采用凍結(jié)核近似，不計算內(nèi)層電子，如1s。如計算Al原子，總電荷數(shù)給出的是11。只有在指明fdensity=scf，才放棄凍結(jié)核近似，作包含全部電子的計算。這時計算Al原子，總電荷數(shù)給出的才是13。 另外，計算的電子數(shù)會不能完全與實際數(shù)值吻合，這是由于格點不夠細密引起的誤差。格點取到200*200*200就很接近了。 計算電子，已經(jīng)不必用cube了，用關(guān)鍵詞得到wfn文件，在multiwfn程序中更方便。 我已經(jīng)好久沒有用cube了，你的問題又讓我把資料找出來復習了一遍。 [ Last edited by zhou2009 on 2012-11-25 at 15:44 ] |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
16樓2012-11-25 14:21:45
送鮮花一朵 |
多謝 zhou版主 再次解答。 我是新手，很多不清楚。多有麻煩。多謝了 目前還有一個疑問，煩請再次指教。 我在 g03 中文手冊的 243頁 廢棄 關(guān)鍵詞 cube 看到 如下解釋： 立方空間內(nèi)容選項 Density 只計算電子密度。不能與 Volume 關(guān)鍵字或Cube=Orbitals 選項組合。 FrozenCore 刪除 SCF 芯電子密度。這是默認的電子密度，但不適用于勢能計算。FC 是FrozenCore 的同義字。 Full 計算包括所有電子的電子密度。 Total 使用總電子密度。這是默認選項。 請問這里 full 選項 不能代替 density 嗎，不是指 fdensity 嗎？ 另外 這里 說的 total 與 density 選項 有何區(qū)別？ 另外：請問 版主 怎么設(shè)置 cube fdensity=scf, 是用cubegen 工具么？我設(shè)置 cube=(density,Cards) 能運行，而設(shè)置 fdenstiy 就不行了，老報錯。 還有最后一個問題，怎么得到Al原子核心電子電荷密度分布文件？麻煩您用Al 用multiwfn 或者其他工具 給個指南。 多有麻煩！ 多謝多謝。 |
18樓2012-11-25 19:19:45
19樓2012-11-26 09:48:41
20樓2012-11-26 10:10:52
21樓2012-11-26 10:41:38
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
|
資料已發(fā)。 其實，計算分子的電子密度不是目的，它的圖像是圓滾滾地，什么信息也看不見，最終目的是要作電子密度差Δρ。 作電子密度差Δρ： 見Multiwfn作者Sobereva博士寫的的帖子“使用Multiwfn作電子密度差圖”： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3980314 |
22樓2012-11-26 15:23:54
23樓2012-11-27 09:33:36
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
|
我算了一下你的輸入數(shù)據(jù)。得到的wfn文件進入multiwfn中計算電子密度如下： 取低密度格點（125000）得電子數(shù)為25.57； 中密度格點（512000）得電子數(shù)為15.77； 高密度格點（1728000）得電子數(shù)為13.46。 如果進一步將格點取高，如200^3，結(jié)果就是13了。 可見你取的格點密度太稀疏。 為什么會這樣，我曾經(jīng)發(fā)帖討論過類似的問題：“分子片ρ計算的一個值得注意的問題” http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2934836 |
24樓2012-11-27 10:50:31
25樓2012-11-27 11:44:46
簡單回復
2012-11-24 20:48
回復
nodding(金幣+1): 謝謝參與
2012-11-24 20:49
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nodding(金幣+1): 謝謝參與
2012-11-24 20:49
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nodding(金幣+1): 謝謝參與
假大空6樓
2012-11-25 10:18
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nodding(金幣+1): 謝謝參與
neu2347樓
2012-11-25 10:37
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neu2348樓
2012-11-25 10:38
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neu2349樓
2012-11-25 10:38
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userhung13樓
2012-11-25 11:35
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userhung14樓
2012-11-25 11:35
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userhung15樓
2012-11-25 11:36
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軒轅重出江湖17樓
2012-11-25 18:52
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