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xulinan木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
谷胱甘肽MD
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大蝦們有人做過(guò)谷胱甘肽和蛋白結(jié)合的MD嗎？ 遇到兩個(gè)問(wèn)題請(qǐng)教下： 1、建模。發(fā)現(xiàn)RCSB中的結(jié)構(gòu)谷胱甘肽和蛋白都是復(fù)合物的形式存在，并沒(méi)有形成二硫鍵，如果想建一個(gè)谷胱甘肽和蛋白形成二硫鍵的結(jié)構(gòu)請(qǐng)問(wèn)如何實(shí)現(xiàn)。 2、谷胱甘肽算是小分子，請(qǐng)問(wèn)MD時(shí)的參數(shù)哪里能找的到。 謝謝大家回復(fù)討論。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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1.你可以用Amber立場(chǎng)，Amber力場(chǎng)的CYX殘基就是形成二硫鍵的殘基，可以直接在xleap里面用bond命令將兩個(gè)硫連在一起。 2.谷胱甘肽是一個(gè)小肽吧，只含標(biāo)準(zhǔn)氨基酸，amber立場(chǎng)都有，不需要額外參數(shù)。如果有需要，鍵長(zhǎng)鍵角可以通過(guò)gaff立場(chǎng)類(lèi)比，電荷用RESP方法算 |
2樓2012-11-26 22:20:38
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3樓2012-11-27 12:15:12
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4樓2012-11-27 13:21:14
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5樓2012-11-27 14:12:35
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