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[交流]
關于SYBYL中硼原子該如何表達
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最近碰到一個結構中有硼原子，想做一個3D-QSAR，但是，在SYBYL linux版中，硼原子并不能被識別，即使在SYBYL -X 中B被識別，但是也加不上電荷，于是找了幾篇文獻。發(fā)現(xiàn)，在3D-QSAR studies of boron-containing dipeptides as proteasome inhibitors with CoMFA and CoMSIA methods（發(fā)表于European Journal of Medicinal Chemistry，2009，第一作者Yong-Qiang Zhu）中的母核結構相一致，他的解決辦法是將B原子替換為C.3原子，并給出文獻依據(jù)，但是我對此表示不解。首先，用C.3替換B原子，在加氫時會多出一個氫原子。其次，分子手性也會產生相應變化。所以在這里還請大家一同探討一下，遇到這種問題，大家是如何解決的。 分子圖.JPG |
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