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2樓: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-28 16:07:21
建議你先看一些有關(guān)cpmd或cp.x的網(wǎng)上教程。

我在網(wǎng)上搜索了一下，有人出現(xiàn)類似的問題，網(wǎng)上說是cppp.x代碼本身有錯誤，CALL iotk_scan_begin( dunit, "IONS", FOUND = found ) 這一行在CPV/fpmdpp.f90里出現(xiàn)了兩次，屬于重復(fù)，刪除一行后，重新編譯就可以了�？晌抑匦戮幾g后，再用cppp.x計算，又出現(xiàn)新的問題：
cppp.x h2o_mol.cppp-dens.out
[jerry:21354] *** An error occurred in MPI_Bcast
[jerry:21354] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[jerry:21354] *** MPI_ERR_ROOT: invalid root
[jerry:21354] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort)
這是什么問題？怎么解決？

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11樓2012-11-29 17:16:23

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valenhou001

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
huazhorg: 金幣+3, ★有幫助 2012-11-30 16:26:30

正如所看到的信息一樣，你應(yīng)該指出你所用的cp或quantum espresso版本。
最新版本的cpv，不需要去修改它。

在你的輸入文件中試試增加 “saverho = .TRUE." 再看。

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12樓2012-11-30 08:37:47

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huazhorg

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引用回帖:

12樓: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-30 08:37:47
正如所看到的信息一樣，你應(yīng)該指出你所用的cp或quantum espresso版本。
最新版本的cpv，不需要去修改它。

在你的輸入文件中試試增加 “saverho = .TRUE." 再看。

謝謝侯老師！saverho = .TRUE.也不起作用，后來把老版本（4.2.1）全部刪除，重新安裝最新版5.0.2后，才沒有問題，cppp.x可以運行了。運行后會產(chǎn)生一個xsf文件，這個文件可以用xcrysden查看結(jié)構(gòu)，但這個文件并不是一個動畫，而是一個靜態(tài)結(jié)構(gòu)，我現(xiàn)在想知道，這個結(jié)構(gòu)是優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)呢，還是中間某一步的結(jié)構(gòu)呢？要想查看動力學(xué)優(yōu)化中的結(jié)構(gòu)變化過程，該怎么算呢？

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13樓2012-11-30 16:26:12

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誰能提供一套完整的MD優(yōu)化、并能可視化過程的輸入文件，將不勝感激！

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14樓2012-11-30 17:24:10

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
huazhorg: 金幣+5, ★★★很有幫助, 回答很干脆，謝謝！ 2013-01-26 08:40:32

在cppp的input里將ldynamics設(shè)為TURE就可以看動態(tài)結(jié)構(gòu)了，得到的是能用xcrysden直接打開的axsf文件。

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good luck

15樓2013-01-26 05:27:43

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【答案】應(yīng)助回帖

我新手，請問在pwgui圖形界面中有pw.x,但沒有cp.x，為什么呢？

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16樓2013-06-07 19:36:34

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【答案】應(yīng)助回帖

還是用cpmd來做吧

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17樓2013-07-02 00:32:45

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引用回帖:

17樓: Originally posted by vallen at 2013-07-02 00:32:45
還是用cpmd來做吧

意思是CP 做分子動力學(xué)不好？用CPMD軟件？為什么？請教
還有今天算一個例子，它的時間步長dt 與 ortho有什么關(guān)系？當dt=5,ortho=25是可以算，但我想讓dt大一點dt=10時，提示ortho錯誤。改ortho=30還是不對。
請高手指點

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18樓2013-07-05 16:13:50

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引用回帖:

7樓: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-29 12:52:09
很顯然。你的cppp.x輸入文件中某個變量的值設(shè)置有誤。特別是：outdir ，它的值需與cp.x的輸入文件里的值一樣，這樣cppp.x才能正確讀入cp.x所產(chǎn)生的一些輸出文件。

你好，我能問您一個問題么，我在運行（cp）過程中出現(xiàn)了一下的錯誤：
   Error in routine  ortho (1):
   ortho went bananas
我的輸入文件為：
&CONTROL
  calculation = 'cp'

  dt = 2.0
  iprint = 10
  isave = 100
  ndr = 52
  ndw = 53
  nstep = 10000
  outdir = './out/'
  prefix = 'ABX3wfopt'
  restart_mode = 'restart'
  verbosity = 'high'
  wf_collect = .false.
  ekin_conv_thr=1.e-5,
  etot_conv_thr=1.e-7,
  forc_conv_thr=1.e-5,
  pseudo_dir='./'
/
&SYSTEM
  ecutrho = 120.0
  ecutwfc = 30.0
  ibrav = 7
  celldm(1)=33.1948
  celldm(3)=1.4459
  nat = 96
  ntyp = 5
  nr1b = 24
  nr2b = 24
  nr3b = 24
  /

&ELECTRONS
  electron_damping = 0.1
  electron_dynamics = 'damp'
  emass = 400
  emass_cutoff = 3.0
  electron_temperature = 'not_controlled'
/

&IONS
  ion_dynamics = 'damp'
  ion_damping=0.02
  ion_temperature='not_controlled'
/

ATOMIC_SPECIES
Pb 207.2 Pb.pbe-dn-rrkjus_psl.0.2.2.UPF
I 126.9 I.pbe-n-rrkjus_psl.0.2.UPF
C 12.0 C.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF
N 14.0 N.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF
H 1.0 H.pbe-rrkjus_psl.0.1.UPF
ATOMIC_POSITIONS angstrom
Pb    4.2403 4.7040 6.2142
Pb    13.0233 4.7040 6.2142
Pb    4.2403 13.4870 6.2142
Pb    13.0233 13.4870 6.2142
Pb    4.2403 4.7040 18.9132
Pb    13.0233 4.7040 18.9132
Pb    4.2403 13.4870 18.9132

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19樓2016-11-02 09:11:26

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Master陳超

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同學(xué)，你也用QE中CPMD做模擬嗎？

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20樓2018-12-24 16:23:43

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