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[求助]
過渡態(tài)
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 在用高斯找過渡態(tài)時(shí)，這種前驅(qū)復(fù)合物結(jié)構(gòu)是如何得到的。希望這方面的高手給點(diǎn)指導(dǎo)，萬分感謝！ |
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xyz7819227
木蟲 (正式寫手)
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2樓2012-11-28 20:19:25
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我的過渡態(tài)找到了，根據(jù)文獻(xiàn)他有氫鍵復(fù)合物存在，但是我不知道氫鍵復(fù)合物的結(jié)構(gòu)怎么獲得。希望你能給點(diǎn)意見啊，萬分感謝！ ts-3.out(408.89KB) http://kuai.xunlei.com/d/GBDHQPLLRYZF?p=130497 irc.out(935.17KB) http://kuai.xunlei.com/d/GPPYDDVFDMHV?p=130497 |
3樓2012-11-29 09:04:26
lxhlxh052c
木蟲 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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樓主我看你的輸出文件里面又是羥基又是F的，體系中的氫鍵作用應(yīng)該挺明顯的。就那個(gè)F代的分子自身來說就能形成分子內(nèi)的氫鍵（可能是五元或者六元環(huán)的結(jié)構(gòu)）。當(dāng)然分子間的氫鍵也能形成的，結(jié)構(gòu)應(yīng)該多種多樣~ 你用的是羥基自由基與這個(gè)分子作用吧，那么羥基自由基上的H也是有可能和F作用形成氫鍵的。如果你在羥基自由基與羥基作用那找到過渡態(tài)，也跑了IRC那看看的IRC末態(tài)優(yōu)化出來是啥樣的吧，關(guān)鍵看看主反應(yīng)鍵的鍵長是在氫鍵的范圍還是在經(jīng)典的化學(xué)成鍵范圍。我覺得這個(gè)反應(yīng)就是形成氫鍵的反應(yīng)。難道還有自由基的傳遞嗎？ 我說的這些都是從基本的有機(jī)化學(xué)角度考慮的，希望對你有點(diǎn)幫助。 |
4樓2012-11-29 09:53:18
xy00083789
金蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
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1. 樓主，我把你的out文件下載下來之后，簡單的得到了fchk文件，通過弱作用分析（ Journal of the American Chemical Society 132(18): 6498-6506.），三維ELF函數(shù)分析，發(fā)現(xiàn)體系中，根本就不存在氫鍵，我的郵箱是zhongyue.yang@yahoo.cn 你給我發(fā)個(gè)郵件，我把那些數(shù)據(jù)給你，你就知道啦。 2. 另外，我提到的那些分析方法，是從sobereva老師的帖子學(xué)到的，建議你關(guān)注一下這個(gè)博客http://hi.baidu.com/new/sobereva?page=12 3.Mutiwfn軟件，建議你關(guān)注 |
5樓2012-12-01 20:21:00
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