 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 5676 | 回復(fù): 1 | |||
[求助]
求助多肽鏈中判斷α-螺旋，β-折疊和無(wú)規(guī)則卷曲形成的條件
|
| 遇到一條多肽鏈，讓分析在哪些位置出現(xiàn)什么二級(jí)結(jié)構(gòu)，究竟有什么規(guī)則��？？？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 酶的資料 |
» 猜你喜歡
材料080500調(diào)劑求收留
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
環(huán)境工程調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
工科材料085601 279求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
287求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計(jì)算機(jī)技術(shù)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
廣西大學(xué)家禽遺傳育種課題組2026年碩士招生（接收計(jì)算機(jī)專業(yè)調(diào)劑）
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
已經(jīng)有8人回復(fù)
yalefield
金蟲 (文壇精英)
老漢一枚
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 129 (高中生)
- 貴賓: 0.17
- 金幣: 21238.9
- 散金: 3440
- 紅花: 66
- 帖子: 12101
- 在線: 759.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 96063
- 注冊(cè): 2005-10-07
- 專業(yè): 高等教育學(xué)
- 管轄: 計(jì)算模擬
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-12-02 10:10:54
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-12-02 10:10:54
|
隨手一帖而已： (1) http://www.bio-soft.net/prool.html (2) http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/ 各種在線預(yù)測(cè)工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAPS、TMpred、SOUSI、Paircoil、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search、SOPM 早期蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法是建基于氨基酸形成螺旋或折疊的傾向，而有時(shí)須聯(lián)同估計(jì)形成二級(jí)結(jié)構(gòu)的能量的方法來(lái)使用。這些方法在預(yù)測(cè)殘基的三種狀態(tài)（螺旋、折疊或卷曲）可以有約60%的準(zhǔn)確性，若使用多序列比對(duì)可以將準(zhǔn)確性大幅提升至80%。 蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)包含局部殘基之間由氫鍵所調(diào)節(jié)的相互作用。最普遍的二級(jí)結(jié)構(gòu)就是α-螺旋及β-折疊，此外還有β-轉(zhuǎn)角和無(wú)規(guī)卷曲。經(jīng)計(jì)算后發(fā)現(xiàn)其他螺旋，例如310螺旋及π螺旋，在能量上有著有利的氫鍵模式，但這些螺旋卻是在自然的蛋白質(zhì)中是很稀有的，要α螺旋在中央進(jìn)行不利的骨架包裝后，才可在末端中發(fā)現(xiàn)。緊的轉(zhuǎn)角、松開(kāi)及靈活的環(huán)會(huì)連結(jié)更多“規(guī)則的”二級(jí)結(jié)構(gòu)。任意形并非真正的二級(jí)結(jié)構(gòu)，但卻是一類缺乏規(guī)則的二級(jí)結(jié)構(gòu)的形態(tài)。 氨基酸在形成不同的二級(jí)結(jié)構(gòu)上有著不同的能力。脯氨酸及甘胺酸會(huì)在轉(zhuǎn)角上出現(xiàn)，并且可以瓦解α螺旋骨架的規(guī)則形態(tài)，但兩者卻有著不正常的形態(tài)能力。在蛋白質(zhì)內(nèi)采用螺旋形態(tài)的氨基酸有蛋氨酸、丙氨酸、亮氨酸、谷氨酸及賴氨酸（氨基酸單字母編號(hào)為“MALEK”）；相反，大型的芳香性殘基（色氨酸、酪氨酸及苯丙氨酸）及Cβ分枝的氨基酸（異亮氨酸、纈氨酸及蘇氨酸）則采用β折疊形態(tài)。但是，若單以序列來(lái)看，這些都不足以構(gòu)成一個(gè)可靠的方法來(lái)預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)。 多序列比對(duì)可以知道氨基酸在某一位置的完正分布（包括在其附近的位置，一般在每一邊的7個(gè)殘基），而演化過(guò)程提供了結(jié)構(gòu)趨向更明確的圖畫。例如，在蛋白質(zhì)某位置的甘胺酸，本身已表明那是一個(gè)任意形。但是多序列對(duì)比可以發(fā)現(xiàn)，在接近十億年演化后95%的蛋白質(zhì)中，那是一個(gè)有利螺旋的氨基酸。再者，若在那位置檢測(cè)平均疏水性，亦會(huì)發(fā)現(xiàn)其殘基可溶性是與α螺旋一致。綜合來(lái)說(shuō)，這些因素顯示原先蛋白質(zhì)內(nèi)甘胺酸是α螺旋結(jié)構(gòu)，而非任意形。多種方法都會(huì)結(jié)合已有的數(shù)據(jù)來(lái)組成三種狀態(tài)的預(yù)測(cè)，這些方法有神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、隱馬爾可夫模型及支持向量機(jī)�，F(xiàn)代預(yù)測(cè)方法亦可在每一個(gè)位置的預(yù)測(cè)結(jié)果提供信賴分?jǐn)?shù)。 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法一直不斷地在校準(zhǔn)，例如EVA實(shí)驗(yàn)。基于約270個(gè)星期的測(cè)試，最準(zhǔn)確的方法要算是PsiPRED、SAM、PORTER、PROF及SABLE。有趣的是，在這多種方法中找出共識(shí)或一致，并不能提升它們的準(zhǔn)確性。最大改善的地方似乎是在β股的預(yù)測(cè)，因?yàn)樗褂玫姆椒〞?huì)忽視一些β股段。整體上而言，最高的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性只可以達(dá)90%，因DSSP的標(biāo)準(zhǔn)方法的性質(zhì)，與校準(zhǔn)的預(yù)測(cè)相違背。 |
2樓2012-12-01 21:49:14
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 lzg_129 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +5 | 申子申申 2026-03-19 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 廣西大學(xué)家禽遺傳育種課題組2026年碩士招生（接收計(jì)算機(jī)專業(yè)調(diào)劑） +3 | 123阿標(biāo) 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +8 | 梁梁校校 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +21 | rare12345 2026-03-18 | 21/1050 |
|
|
|
[考博] 申博26年 +3 | 八6八68 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 梁成偉老師課題組歡迎你的加入 +9 | 一鴨鴨喲 2026-03-14 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +4 | z1z2z3879 2026-03-14 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +10 | 慕寒mio 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +10 | 秋有木北 2026-03-14 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +4 | 材化逐夢(mèng)人 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +8 | 陌宸希 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +5 | 煙火先于春 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +3 | 志存高遠(yuǎn)意在機(jī)?/a> 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研求調(diào)劑 +3 | 橘頌. 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國(guó)獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專利一項(xiàng)省級(jí)立項(xiàng) +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|