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求助：xplor算出的結(jié)構(gòu)如何評(píng)價(jià)，如何得到已算出結(jié)構(gòu)的rmsd值？
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| xplor算出的結(jié)構(gòu)如何評(píng)價(jià)，如何得到已算出結(jié)構(gòu)的rmsd值？ |
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quarter123
新蟲 (初入文壇)
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2樓2013-03-12 19:25:58
koalabear8655
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2013-11-26 11:25:41
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2013-11-26 11:25:41
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如果是比較少的結(jié)構(gòu)，可以用其它軟件來(lái)看，ＶＭＤ啊pymol應(yīng)該都可以。 如果是比較多，還可以直接用xplor輸入rmsd，詳細(xì)方法可以參考 xplor-nih-2.33/eginput/gb1_rdc/anneal.py中的寫法，我簡(jiǎn)單貼出來(lái)其中比較關(guān)鍵的部分，如下： 下面這段你看注釋也應(yīng)該清楚，就是計(jì)算和參考結(jié)構(gòu)之間的rmsd。 # compare atomic Cartesian rmsd with a reference structure # backbone and heavy atom RMSDs will be printed in the output # structure files # from posDiffPotTools import create_PosDiffPot refRMSD = create_PosDiffPot("refRMSD","name CA or name C or name N", pdbFile='g_xray.pdb', cmpSel="not name H*"  這一句是在文件的最后，用來(lái)告訴xplor輸出rmsd的。 averageCrossTerms=refRMSD, |
3樓2013-11-26 11:00:01
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