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rainson1988銀蟲 (初入文壇)
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[交流]
寫了一個(gè)CHARMM力場(chǎng)氧氣分子的top文件和par文件（NAMD） 已有1人參與
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今天寫了一個(gè)氧氣分子的par文件和top文件，如下： par_O2.inp * This is a reduced version of the CHARMM22 parameter file for O2 BONDS !V(bond) = Kb(b - b0)**2 ! !Kb: kcal/mole/A**2 !b0: A ! !atom type Kb b0 ! !Oxygen O O 305.000 1.1600 NONBONDED nbxmod 5 atom cdiel shift vatom vdistance vswitch - cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5 !V(Lennard-Jones) = Eps,i,j[(Rmin,i,j/ri,j)**12 - 2(Rmin,i,j/ri,j)**6] ! !atom ignored epsilon Rmin/2 O 0.000000 -0.152100 1.768200 HBOND CUTHB 0.5 END top_O2.inp MASS 1 O 15.99900 O ! oxygen RESI OGN 0.00 GROUP ATOM O1 O -0.000 ! ATOM O2 O 0.000 ! BOND O1 O2 PATCHING FIRS NONE LAST NONE 大家?guī)兔纯从袥]有問題。 關(guān)于par文件中Kb項(xiàng)不能確定，哪位大俠知道該值的幫忙回復(fù)下，謝謝啦！ |
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3樓2018-07-11 15:42:08
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