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lrf1980新蟲 (小有名氣)
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[交流]
問問大家都用什么工具來生成小分子庫的三維構(gòu)象？ 已有1人參與
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我自己主要用openbabel處理分子庫，單個小分子的話用avogadro。 但是我發(fā)現(xiàn)openbabel處理的結(jié)果跟avogadro的有差異，所以現(xiàn)在沒有很合適的軟件。大家都用什么�。� openbabel 我用下面的命令： 先做能量最小化： obminimize －ff Ghemical (or MMFF94) - n 10000 filename 然后選擇最優(yōu)的構(gòu)象： obconformer 100 500 filename>foldname/filename 另外如果要對兩個不同的分子庫做合并，合并相同的分子，有什么好辦法么？ |
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2樓2012-12-17 10:23:10
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3樓2012-12-18 08:08:49
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