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qq364085265金蟲 (著名寫手)
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[求助]
Dmol3計(jì)算體系能有多大？
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請問Dmol3計(jì)算的體系最大多大·？ 我要利用Dmol3計(jì)算聚乙烯的動力學(xué)模擬（熱解），現(xiàn)在建的體系是500個聚合度，三條鏈放在一個無定型晶胞中，但是一運(yùn)行就出現(xiàn) #Warning: no global confinement specs in BASFILE 之前只計(jì)算10個聚合度的都沒出現(xiàn)過這個問題，求解啊！~~~加急！   |
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
qq364085265: 金幣+5, ★★★很有幫助, 好的，我是想要不要用GULP·你這么一說我就決定試試了，不過對那個模塊還不熟·要摸索一會··· 2012-12-18 11:16:50
fzx2008: 金幣+1, 謝謝交流！ 2012-12-18 11:34:38
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
qq364085265: 金幣+5, ★★★很有幫助, 好的，我是想要不要用GULP·你這么一說我就決定試試了，不過對那個模塊還不熟·要摸索一會··· 2012-12-18 11:16:50
fzx2008: 金幣+1, 謝謝交流！ 2012-12-18 11:34:38
| Dmol3跑動力學(xué)我沒有試過，不過Dmol3的動力學(xué)是基于第一性原理的分子動力學(xué)計(jì)算，體系能到多大我不清楚，不過肯定不能跑很大的體系。你可以試一下GULP模塊跑，是基于力場的經(jīng)典分子動力學(xué)，可以跑很大的體系。 |
2樓2012-12-18 11:03:31
3樓2012-12-18 15:05:21
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fzx2008: 金幣+2, 謝謝指教！ 2012-12-18 22:52:33
qq364085265: 金幣+5, 我找力場一般是看help文件··一開始用DMOL計(jì)算的時候選的compass力場，因?yàn)槔锩嬲f這個力場包含聚合物�，F(xiàn)在用GULP，可以力場的help文件離沒有顯示說哪些力場適合哪些體系，好像只有包含的原子之類的··我就選了個DREIDING 2012-12-19 08:41:20
fzx2008: 金幣+2, 謝謝指教！ 2012-12-18 22:52:33
qq364085265: 金幣+5, 我找力場一般是看help文件··一開始用DMOL計(jì)算的時候選的compass力場，因?yàn)槔锩嬲f這個力場包含聚合物�，F(xiàn)在用GULP，可以力場的help文件離沒有顯示說哪些力場適合哪些體系，好像只有包含的原子之類的··我就選了個DREIDING 2012-12-19 08:41:20
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LZ，我補(bǔ)充一下，今天我看了下GULP的力場(.lib力場)，雖然有很多力場選擇，但是你計(jì)算體系的力場可能不在里面，需要你自己修改，那就需要LZ對力場文件里面的數(shù)據(jù)有詳細(xì)的理解(.lib類型的力場我沒用過，LZ得好好研究)。 另外，F(xiàn)orcite模塊也有基于力場的經(jīng)典分子動力學(xué)模擬，用的是.off類型的力場。這類型的力場我用過，相對熟悉一點(diǎn)，LZ也可以嘗試一下Forcite模塊的計(jì)算，不懂的可以討論一下。 |
4樓2012-12-18 22:37:56
qq364085265
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5樓2012-12-19 08:42:30
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6樓2012-12-19 08:55:06
t13340033021
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qq364085265: 金幣+3, ★★★很有幫助, 感謝參與，我是用AC建的周期性盒子啊···純第一性原理肯定算不了，我就是想用基于經(jīng)驗(yàn)參數(shù)的模塊啊··昨晚用Forcite模塊做了一次，速度還很快，提示也是成功了，但是沒有發(fā)現(xiàn)斷鍵，不知道是否是溫度設(shè)低了。 2012-12-20 08:19:45
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2012-12-20 10:39:06
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qq364085265: 金幣+3, ★★★很有幫助, 感謝參與，我是用AC建的周期性盒子啊···純第一性原理肯定算不了，我就是想用基于經(jīng)驗(yàn)參數(shù)的模塊啊··昨晚用Forcite模塊做了一次，速度還很快，提示也是成功了，但是沒有發(fā)現(xiàn)斷鍵，不知道是否是溫度設(shè)低了。 2012-12-20 08:19:45
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2012-12-20 10:39:06
| 4800多個原子用從頭算。。。開什么玩笑。用周期性體系的處理方法吧 |
7樓2012-12-19 13:27:05
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