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shiyiwenren至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
MS模擬單個氣體分子在孔道或者界面上的自由能應該用什么模塊
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以前一直用MS模擬的時候只是用sorption算算吸附量，吸附熱什么的，或者是用forcite模塊進行一些簡單的結構優(yōu)化和動力學模擬。最近在模擬一種多級孔道吸附水蒸氣分子，但是模擬結果與設想相反，與老板討論后，給出的建議是分別模擬單個水分子在大孔（也就是介孔）和小孔（微孔）中的自由能，對比兩者的大小，就能知道水分子到底是更容易進到介孔還是微孔里了。聽說這個計算用Gromacs很容易進行，但是我建好兩種單獨的孔道模型，向組里用Gromacs模擬的同學幫忙計算的時候，他說需要結構的ITP文件，但是MS不能導出這種文件，向想大家請教一下： （1）MS是否有方法可以導出ITP文件？ （2）MS是否有那個模塊實現(xiàn)與gromacs相同的功能 |
回復此樓
王慧1021
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2樓2012-12-20 09:17:37
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