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Fullprof 中鍵長(zhǎng)限制
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使用Fullprof中的模擬退火模式simulated annealing 進(jìn)行結(jié)構(gòu)精修，需要約束鍵長(zhǎng)。對(duì)話框中有CATOD1, CATOD2, ITnum, T1, T2, T3, Dist, Sigma的選填參數(shù)，幫助文件解釋如下： CATOD1 and CATOD2: Names of the atoms to be constrained They must coincide with labels in the asymmetric unit. Rotation part： the rotation part of the symmetry operator to be applied to the coordinates of the atom CATOD2. (T1, T2, T3): Translation part of the above symmetry operator Dist : Value of the required distance. Sigma : Standard deviation of the distance. 請(qǐng)問(wèn)T1, T2, T3,到底怎么用？有誰(shuí)用過(guò)嗎？ adfa.jpg |
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2樓2012-12-26 10:30:44
3樓2012-12-27 08:59:58
daxu
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輸出文件中有一個(gè)擴(kuò)展名tpcr的文件，你需要的參數(shù)里邊都有，其實(shí)自己編pcr文件很簡(jiǎn)單，首先dis要設(shè)置，譬如設(shè)置兩個(gè)鍵長(zhǎng)限制，dis設(shè)為2，三個(gè)鍵長(zhǎng)限制就設(shè)置為3，然后下面要附上你貼的那些參數(shù)值。例如以dis=1為例限制白云石中C-O鍵的長(zhǎng)度，具體如下 ! Soft distance constraints: C1 O1 26 0.00000 0.00000 0.00000 1.28500 0.00050 其實(shí)關(guān)鍵是itum值，我上面是以c-o鍵長(zhǎng)為例來(lái)說(shuō)明的，具體的要看你自己的結(jié)構(gòu)。詳細(xì)參數(shù)的意義可以看manual |
4樓2012-12-27 11:43:08
5樓2012-12-28 14:41:12
daxu
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6樓2012-12-28 16:06:01
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