rustboy

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 52.5
散金: 30
紅花: 1
帖子: 23
在線: 29.5小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1483024
注冊(cè): 2011-11-08
專(zhuān)業(yè): 原子和分子物理

[求助] vasp 計(jì)算單分子/原子時(shí)晶胞大小的選取

我覺(jué)得，原則上講應(yīng)該是使相鄰晶胞內(nèi)分子/原子距離足夠大，以消除計(jì)算過(guò)程中互相的影響。滿足這一條件后，在相同的精度下，所得到的單分子/原子的能量大致應(yīng)該是相當(dāng)?shù)摹?br />
但是本人在計(jì)算單個(gè)金屬Ni時(shí)發(fā)現(xiàn)，使用10*10*10的晶胞以及15*15*15晶胞，其它參數(shù)一樣。計(jì)算所得單原子的能量相差較大。

不知道大家平時(shí)計(jì)算類(lèi)似的體系時(shí)，是如何設(shè)置晶胞大小的？

回復(fù)此樓

» 收錄本帖的淘帖專(zhuān)輯推薦

化學(xué)電源之鋰離子電池

» 猜你喜歡

298-一志愿中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
297求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
302求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)
266求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
化學(xué)工程321分求調(diào)劑已經(jīng)有17人回復(fù)
344求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
312求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專(zhuān)業(yè)（081702）315分求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005 已經(jīng)有4人回復(fù)
304求調(diào)劑已經(jīng)有13人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

如何用VASP計(jì)算H原子的振動(dòng)頻率已經(jīng)有16人回復(fù)
態(tài)密度計(jì)算 vasp 4.6 計(jì)算Zn原子的PDOS 關(guān)于Zn（3d104s2）的4p對(duì)價(jià)帶的貢獻(xiàn) 已經(jīng)有4人回復(fù)
怎么用vasp的計(jì)算結(jié)果分析分子中各原子帶電多少情況已經(jīng)有6人回復(fù)
畫(huà)VASP計(jì)算的原子結(jié)構(gòu)圖的一個(gè)方法（自己瞎想的，如和他人方法雷同請(qǐng)見(jiàn)諒）已經(jīng)有4人回復(fù)
vasp計(jì)算界面結(jié)構(gòu)時(shí)原子弛豫的問(wèn)題已經(jīng)有12人回復(fù)
vasp計(jì)算單個(gè)氧原子和分子的能量已經(jīng)有20人回復(fù)
VASP 四方晶系（TiO2 anatase ）單胞建模原子數(shù)的問(wèn)題麻煩大家指導(dǎo) 已經(jīng)有19人回復(fù)
在vasp計(jì)算里，有沒(méi)有好的只優(yōu)化原子位置和晶胞體積的方法？已經(jīng)有8人回復(fù)
vasp可以固定單個(gè)原子的磁矩嗎？已經(jīng)有5人回復(fù)
如何用VASP計(jì)算體系中每一類(lèi)原子的DOS？已經(jīng)有10人回復(fù)
vasp中如何構(gòu)建超晶胞已經(jīng)有3人回復(fù)
求助：vasp 計(jì)算氫原子能量是-1.16ev 而不是 -13.6ev，why ? 已經(jīng)有18人回復(fù)
【求助】如何顯示晶胞結(jié)構(gòu)中的原子編號(hào)與空間坐標(biāo)？已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助完畢】vasp-slab-邊界附近原子頂位吸附小分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化很難收斂嗎？已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】vasp為什么采用周期性邊界條件（或超原胞模型）來(lái)處理原子分子表面體系等，有已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】能否發(fā)一份用vasp計(jì)算超晶胞某個(gè)表面的輸入文件給我已經(jīng)有7人回復(fù)
【求助】Castep中結(jié)構(gòu)優(yōu)化后晶胞參數(shù)差別較大 vasp高手也幫我看一下已經(jīng)有22人回復(fù)
【求助】關(guān)于鋰原子vasp計(jì)算后的1s2s2p分波態(tài)密度處理已經(jīng)有12人回復(fù)

1樓 2012-12-30 20:02:57

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

emilyoyang

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 232 (大學(xué)生)
金幣: 4340.4
紅花: 42
帖子: 667
在線: 189.9小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1630291
注冊(cè): 2012-02-20
性別: MM
專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2013-01-03 12:09:43

這個(gè)能量差別很多可能是你的cutoff 取得過(guò)小。。。不知道你取多少

你試著計(jì)算一下9.5*10*10.5 和14.5*15*15.5這兩個(gè)超胞中單個(gè)Ni原子的能量差是不是也很大？也有可能是對(duì)稱(chēng)性造成的

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2012-12-30 20:19:41

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

hn19870519

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

1ST強(qiáng)帖: 1
應(yīng)助: 45 (小學(xué)生)
金幣: 1225.2
散金: 1861
紅花: 11
帖子: 379
在線: 203.1小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 867945
注冊(cè): 2009-10-10
性別: GG
專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝提示 2013-01-03 12:09:52

你說(shuō)的能量相差很大是多大？最好把你計(jì)算的參數(shù)貼出來(lái)，這樣大家也好幫你。

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2012-12-31 22:17:09

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

rustboy

銅蟲(chóng) (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 52.5
散金: 30
紅花: 1
帖子: 23
在線: 29.5小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1483024
注冊(cè): 2011-11-08
專(zhuān)業(yè): 原子和分子物理

引用回帖:

3樓: Originally posted by hn19870519 at 2012-12-31 22:17:09
你說(shuō)的能量相差很大是多大？最好把你計(jì)算的參數(shù)貼出來(lái)，這樣大家也好幫你。

如下是我的INCAR參數(shù)：
  NWRITE =    2; LPETIM=F write-flag & timer
ISTART =    0 job : 0-new  1-cont  2-samecut
ICHARG =    2 charge: 1-file 2-atom 10-const
INIWAV =    1 electr: 0-lowe 1-rand  2-diag

Electronic Relaxation 1
PREC = Accurate ! standard precision
ENCUT =    400.000
NELM =    500; NELMIN= 2; NELMDL= 0    # of ELM steps
ISPIN  =    2 spin polarized calculation?
EDIFF  =    0.1E-04

Ionic Relaxation
EDIFFG = -0.03
NSW =    500  number of steps for IOM
NBLOCK =    1;
IBRION =    2
ISIF =    2
ISYM =    2 0-nonsym 1-usesym
LCORR  =    T Harris-correction to forces
POTIM  =    0.5 time-step for ion-motion

Electronic Relaxation 2
LPLANE = .TRUE.
ALGO = Fast
LDIAG  = T    sub-space diagonalisation
LWAVE =  F    write WAVECAR
LCHARG  = F    write CHGCAR and CHG
LVDW = .TRUE.
LREAL  = Auto    real-space projection
NSIM = 4
昨天又算了一個(gè)Co原子，情況也是類(lèi)似，10*10*10的能量是1.480eV,15的是1.93，20的是1.476。
謝前輩幫忙！

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2013-01-01 09:51:57

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

rustboy

銅蟲(chóng) (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 52.5
散金: 30
紅花: 1
帖子: 23
在線: 29.5小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1483024
注冊(cè): 2011-11-08
專(zhuān)業(yè): 原子和分子物理

引用回帖:

2樓: Originally posted by emilyoyang at 2012-12-30 20:19:41
這個(gè)能量差別很多可能是你的cutoff 取得過(guò)小。。。不知道你取多少

你試著計(jì)算一下9.5*10*10.5 和14.5*15*15.5這兩個(gè)超胞中單個(gè)Ni原子的能量差是不是也很大？也有可能是對(duì)稱(chēng)性造成的

cutoff我取的是400，具體INCAR參數(shù)請(qǐng)見(jiàn)三樓
我新算了一個(gè)Co原子。
結(jié)果是10*10*10的超胞能量1.480eV，9.5*10*10.5的1.785eV，15*15*15的1.931, 14.5*15*15.5的1.944。貌似沒(méi)有規(guī)律性。
這些能量差距，請(qǐng)問(wèn)前輩是何原因？

另外，本人菜鳥(niǎo)，前輩提到的 “對(duì)稱(chēng)性造成的” 是什么意思？

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2013-01-01 10:51:27

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

hn19870519

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

1ST強(qiáng)帖: 1
應(yīng)助: 45 (小學(xué)生)
金幣: 1225.2
散金: 1861
紅花: 11
帖子: 379
在線: 203.1小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 867945
注冊(cè): 2009-10-10
性別: GG
專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

【答案】應(yīng)助回帖

★
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2013-01-03 12:10:18

我自己算了一下，結(jié)果如下：
15*15*15 -1.840572eV
10*10*10 -1.844656eV

INCAR：
general:
SYSTEM = general
ENCUT  = 400
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = 0 ; SIGMA = 0.05
IALGO = 38
NELM = 200
  #PREC = Accurate
EDIFF = 1E-5
ISPIN=2
MAGMOM=3.0

Write flags
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.

Cluster
NPAR =  8 ; NSIM = 4
LPLANE = .TRUE.
LSCALU = .FALSE.

贊一下

回復(fù)此樓

6樓2013-01-03 10:24:41

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

hn19870519

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

1ST強(qiáng)帖: 1
應(yīng)助: 45 (小學(xué)生)
金幣: 1225.2
散金: 1861
紅花: 11
帖子: 379
在線: 203.1小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 867945
注冊(cè): 2009-10-10
性別: GG
專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

【答案】應(yīng)助回帖

補(bǔ)充一下，EDIFF=1E-4的時(shí)候：
10*10*10 -1.844339
15*15*15 -1.840564
用的勢(shì)是PBE�？茨懔艘幌聵侵鞯腎NCAR，感覺(jué)好亂，推薦自己不懂得參數(shù)就用默認(rèn)的。比如 LREAL = Auto real-space projection這個(gè)參數(shù)如果原子數(shù)少于20會(huì)提示你別用。還有ALGO=Fast對(duì)于單個(gè)原子個(gè)人認(rèn)為不太好，個(gè)人偏向用IALGO=38。樓主再檢查一下吧。

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

7樓2013-01-03 10:36:48

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 266求調(diào)劑 +4	陽(yáng)陽(yáng)哇塞 2026-03-14	8/400	2026-03-18 12:43 by Linda Hu
[考研] 312求調(diào)劑 +8	陌宸希 2026-03-16	9/450	2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 290求調(diào)劑 +10	ADT 2026-03-11	10/500	2026-03-18 11:00 by 哦哦123
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +3	妮妮ninicgb 2026-03-17	3/150	2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 一志愿中國(guó)海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +3	1孫悟空 2026-03-17	3/150	2026-03-18 10:28 by macy2011
[教師之家] 焦慮 +8	水冰月月野兔 2026-03-13	10/500	2026-03-18 09:21 by 咪嗚喵嗚
[考研] 311求調(diào)劑 +10	冬十三 2026-03-15	11/550	2026-03-18 09:04 by zhukairuo
[考研] 278求調(diào)劑 +5	煙火先于春 2026-03-17	5/250	2026-03-18 08:43 by 星空星月
[考研] 材料工程專(zhuān)碩調(diào)劑 +5	204818@lcx 2026-03-17	5/250	2026-03-17 17:27 by Little-xue
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國(guó)防/材料導(dǎo)師推薦 +3	尖角小荷 2026-03-16	6/300	2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 326求調(diào)劑 +4	諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)覬?/a> 2026-03-15	7/350	2026-03-16 17:11 by 諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)覬?/a>
[考研] 0856求調(diào)劑 +3	劉夢(mèng)微 2026-03-15	3/150	2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 327求調(diào)劑 +6	拾光任染 2026-03-15	11/550	2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考博] 東華理工大學(xué)化材專(zhuān)業(yè)26屆碩士博士申請(qǐng) +6	zlingli 2026-03-13	6/300	2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 289求調(diào)劑 +4	這么名字咋樣 2026-03-14	6/300	2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 304求調(diào)劑 +6	Mochaaaa 2026-03-12	7/350	2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 329求調(diào)劑 +3	miaodesi 2026-03-12	4/200	2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +8	困于星晨 2026-03-12	10/500	2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分四六級(jí)已過(guò) 本科山東雙非求調(diào)劑！ +3	不想理你 2026-03-12	3/150	2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 290求調(diào)劑 +3	ADT 2026-03-13	3/150	2026-03-13 10:19 by peike