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小路西達金蟲 (正式寫手)
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[求助]
FlexX 和 Autodock的優(yōu)缺點比較
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| 我用FlexX做的DNA對接，AutoDock做的蛋白對接，編輯問為什么分別用這兩個做？其實這兩個是不同的實驗室做的。不知道怎么回答啊。 |
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都改成用autodock做即可 
2樓2013-01-08 17:30:43
小路西達
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3樓2013-01-08 20:20:57
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-08 22:07:59
小路西達: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝啊 2013-01-10 15:23:12
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-08 22:07:59
小路西達: 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝啊 2013-01-10 15:23:12
| 除非你的兩個體系中torsion的鍵數(shù)相差很大，如果我沒有記錯的華flexX是片段生長？而autodock的話torsion是有限制的，基本上大于11的話結(jié)果就不靠譜。而且autodock在計算affinity energy的時候會考慮torsion消耗的能量。這樣有的時候torsion energy很高時，整體的affinity energy就下來了。但是實際可能不是這樣。這個可能也是不建議torsion在11以上用autodock計算的原因，我自己有很多的例子，用vina跑出來affinity energy很高，但是autodock一跑，就下來了。 |
4樓2013-01-08 21:10:43
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FlexX has actually been developed at Fraunhofer Institute SCAI. Both, FlexX and AutoDock are amongst the most widely used docking tools.[24] FlexX is based on an incremental base fragment construction and a conformation sampling algorithm while AutoDock is based on Lamarckian genetic algorithm. FlexX can, by default, generate the interaction information of the predicted binding poses along with the binding energy scores of the docked conformations of the ligand. However, AutoDock does not produce such interaction information by default and therefore, AutoDockTools’[25] scripts were modified to produce similar interaction information for the docked conformation of the ligand like those of FlexX. 正好獨到這篇，Mol. Inf. 2010, 29, 781 – 791 An Improved Weighted-Residue Profile Based Method of Using Protein–Ligand Interaction Information in Increasing Hits Selection from Virtual Screening: A Study on Virtual Screening of Human GPCR A2A Receptor Antagonists |
5樓2013-02-28 11:40:37
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6樓2013-03-08 22:03:21
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8樓2013-03-25 09:07:22
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