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liangjun44至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
【樓主分享了解決方案】：gromacs中坐標文件與top文件不匹配 已有1人參與
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大家好，剛學gromacs，在找某個教程上的例子練手，遇到個問題想請教一下大家。 構建了一個含有蛋白質、水和sds的系統(tǒng)，然后想要grompp，產生tpr然后在接著往下做時，遇到這樣的錯誤。 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 33543)does not match topology (topol.top, 33023)，（差值是520） 我檢查過幾個文件： 含結晶水的蛋白質gro顯示有1555個原子（1321+78*3個結晶水），但topol文件以及蛋白質的itp文件顯示只有1321個（top文件里面提示Protein_chain_A 1（應該就是1321這個）和SOL 78（這個SOL是結晶水吧）。 我在加了溶劑之后，下面就多顯示了SOL 10376，就是共10454個水分子。加溶劑之前我有插入 -nmol 20個sds分子，sds的itp是prodrg生成的，并在top文件中include進去且手工修改成sds 20 1AKI_solv.gro的原子數33543是對的，但我比較在意的是sds的itp。sds的gro文件里面有43個原子，但當用prodrg生成itp后，這個itp就顯示只有17（43-17）*20剛好是520~ 我不知道問題是否出在這里，而且上面蛋白質的itp文件里面都并不包含結晶水（不過水自己有自己的itp被include進top吧？）不知道應該怎樣解決這個問題，請大家?guī)蛶兔 下面是幾個文件的鏈接 http://pan.baidu.com/share/link?shareid=195959&uk=939815927 解決方案見第4樓。 [ Last edited by 月只藍 on 2014-4-19 at 14:50 ] |
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 MDs-Gromacs |
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月只藍: 金幣+5, 感謝分享研究成果！ 2014-04-19 14:48:05
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sds的gro文件里面有43個原子，但當用prodrg生成itp后，這個itp就顯示只有17（43-17）*20剛好是520 問題就出在這里，prodrg生成的itp文件只有重原子，H都去掉，我是用了這個itp文件進行操作；但插入sds的gro文件時使用的是全原子的結構文件（包含氫原子），因此出現結構文件和top文件不匹配。我應該在插入sds時選擇只有重原子的gro文件，或者自己編寫sds的全原子itp文件。 |
4樓2014-04-18 23:58:55
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