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[交流]
gromacs自己添加residue遇到的問題 已有3人參與
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大家好，最近一直在研究gromacs的residue這塊，我根據(jù)prodrg給出的top file自己在.rtp中添加了新的residue，具體步驟如下，在選擇的force field文件夾中的.rtp中添加residue，在ffbonded.itp里增加新的鍵的類型，最后更新residuetypes.dat，我認(rèn)為添加的內(nèi)容都挺對的，但用pdb2gmx生成top文件時出現(xiàn)這樣的錯誤，我想請問我少了那步呢，不知道還要在什么地方添加?xùn)|西呢？ Fatal error: atom N not found in buiding block 2MOL while combining tdb and rtp For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2013-01-20 10:03:31
zh1987hs: 金幣+15, 模擬EPI+1, jiao版真是好娃啊~哈哈 2013-01-20 10:38:01
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zh1987hs: 金幣+15, 模擬EPI+1, jiao版真是好娃啊~哈哈 2013-01-20 10:38:01
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你還是應(yīng)該先非常仔細(xì)的研究一下手冊，真的！ 你的意思就是定義了一個新的 分子但是gromacs里面沒有這個residue 吧： 下面我以charmm力場下添加 三氧化二鋁的模型為例子，說明如何添加： 1、使用MS建立滿足自己體系大小的三氧化二鋁模型的PDB文件 2、導(dǎo)入到VMD中建立PSF文件 3、通過三氧化二鋁的psf和pdb文件，轉(zhuǎn)化成gromacs的 itp 文件，保存成alo_pore_charged.itp，并且放到charmmm27.ff文件夾內(nèi)（部分內(nèi)容如下）： [moleculetype] ; molname nrexcl al2o3Nanopore 1 [atoms] ; id type resnr residu atom cgnr charge mass 1 OAL 1 ALO O8 1 -1.05 15.9994 2 OAL 1 ALO O9 2 -1.05 15.9994 3 OAL 1 ALO O10 3 -1.05 15.9994 4 AL 1 ALO AL7 4 1.601296 26.9815 5 OAL 1 ALO O2 5 -1.05 15.9994 6 OAL 1 ALO O13 6 -1.05 15.9994 7 OAL 1 ALO O14 7 -1.05 15.9994 8 OAL 1 ALO O15 8 -1.05 15.9994 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 20062 AL 1 ALO AL4 20062 1.601296 26.9815 20063 AL 1 ALO AL5 20063 1.601296 26.9815 20064 AL 1 ALO AL6 20064 1.601296 26.9815 [bonds] ; i j funct length force.c. [angles] ; i j k funct angle force.c. 這里具體的bond angle 信息根據(jù)psf文件中轉(zhuǎn)化，鍵長，鍵能自己在這里設(shè)定。 4、由于我這里的使用的原子名字，不是charmm力場的標(biāo)準(zhǔn)原子名，因此需要把這些添加到 charmm力場的 atomtypes.atp （charmm27.ff目錄內(nèi)）下面， ; atom types below are under my definition ALS 26.9815 ; the atoms on the AL2O3 pore's surface AL 26.9815 ; AL atoms in the AL2O3 OAL 15.9994 ; O atoms in the AL2O3 5、把建立好的pdb文件導(dǎo)入到gromacs中，生成。top文件就可以往下面繼續(xù)了： genbox -cp sys_box.pdb -cs spc216.gro -o sys_water.gro -p sys.top （.top文件可以手動修改） 最后的sys.top如下： ; Include forcefield parameters #include "charmm27.ff/forcefield.itp" ; Include your topologies #include "charmm27.ff/alo_pore_charged.itp" ; Include chain topologies #include "dsdna45_DNA_chain_A.itp" #include "dsdna45_DNA_chain_B.itp" ; Include water topology #include "charmm27.ff/spc.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include topology for ions #include "charmm27.ff/ions.itp" [ system ] ; Name dsDNA in nanopore in water [ molecules ] ; Compound #mols DNA_chain_A 1 DNA_chain_B 1 al2o3Nanopore 1 SOL 88342 K 1803 CL 1847 注意注意注意： .top 中的 [ molecules ] 中的順序，一定要和坐標(biāo)文件（pdb 或者 gro）文件中的順序一致 ok思路就是這樣，具體的多看手冊，“atom N not found ”，我想主要就是第四步出現(xiàn)的問題吧 [ Last edited by jiaoyixiong on 2013-1-20 at 09:27 ] |
2樓2013-01-20 09:25:24
3樓2013-01-20 16:52:54
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7樓2013-10-14 20:12:28
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