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Mascot搜庫結(jié)果，軟件自動(dòng)篩選了還是要根據(jù)protein scores再作篩選？
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Mascot搜庫后導(dǎo)出的csv文件，其中列出的鑒定到的蛋白還需要再用鑒定結(jié)果給出的protein scores篩選一下吧？得分在給出的protein score以上的，才是p-value小于0.05的？ 可是為什么format as 下面那行已經(jīng)標(biāo)注Significance threshold<0.05,難道是輸出的結(jié)果軟件已經(jīng)自動(dòng)按p-value篩選過了？ 1.png |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西巖: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, Thank you so much! 2013-01-30 20:58:35
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In my opinion, p-value having the statistical significance is far more important than mascot score (the value you select). According to http://www.matrixscience.com/help/msms_summaries_help.html Format Controls These controls enable the report format to be modified. After making changes, press the "Format As" button to reload the report using the new settings. Significance threshold The default significance threshold is p < 0.05. You can change this to any value in the range 0.99 to 1E-18. the p value is set to be 0.05 by default and the listed proteins have that level of significance. You can play with it by setting to a big number e.g. 0.5, reformatting the result and checking whether new protein turns up in the list and what is the p-value for them. |
2樓2013-01-30 17:27:40
3樓2013-01-30 21:42:42
4樓2013-01-30 21:43:38
wizardfan
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5樓2013-01-30 22:56:43
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p-value 是根據(jù)單個(gè)譜圖的在整個(gè)數(shù)據(jù)庫中評(píng)估后給出當(dāng)前譜圖的隨機(jī)匹配的概率；蛋白得分與所有匹配到該蛋白的肽段的數(shù)量及可信度的加權(quán)加和。至少有一個(gè)肽段的p<0.05，mascot才會(huì)報(bào)告該蛋白結(jié)果可信，但是如果此蛋白有其他高于0.05的肽段匹配的話，mascot也會(huì)在結(jié)果中報(bào)告。 輸出結(jié)果時(shí)你需要選擇導(dǎo)出參數(shù)，如果require bold red的話，那么大于0.05的結(jié)果會(huì)被舍棄，否則全部導(dǎo)出。 |
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西巖7樓2013-01-31 10:09:55
8樓2013-01-31 11:03:51
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10樓2013-02-07 11:01:01
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