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Canoco軟件使用用問題 已有2人參與
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剛剛接觸CCA，具體操作步驟有很多問題，真心請(qǐng)教各位 1、使用Canoco軟件分析環(huán)境因子和群落種群數(shù)量關(guān)系時(shí)，樣點(diǎn)和物種中心化或者標(biāo)準(zhǔn)化的處理都有什么作用呢？對(duì)畫的圖有什么改變嗎？ 2、還有蒙特卡洛檢驗(yàn)有什么意義嗎？他的值是有范圍要求嗎？ 我看有的地方是說，蒙特卡洛檢驗(yàn)值P，與零和假設(shè)有關(guān)系，P值<0.05或者<0.01時(shí)，即表明，物種和環(huán)境成顯著相關(guān)。不知道這個(gè)理解正確嗎？那么如果做出來的圖P值很大，是不是表明不能繼續(xù)分析下去呢？ 3、為什么RDA畫出來的圖，物種信息也是箭頭呢，不應(yīng)該是點(diǎn)嘛？ 但是我看有的文獻(xiàn)里面也是用點(diǎn)表示的，這個(gè)可以修改嗎？ 求助大家 |
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7樓2013-04-01 11:27:37
diatom7890
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xy656691: 金幣+10, 很好 2013-04-01 22:54:18
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第一個(gè)問題：標(biāo)準(zhǔn)化可以去除單位或者量綱對(duì)數(shù)據(jù)的影響。群落數(shù)據(jù)中，有的物種可能用質(zhì)量表示，有的物種可能用個(gè)數(shù)表示，用了標(biāo)準(zhǔn)化大家都沒有單位了，變成了純粹的數(shù)值，方便不同單位表示的物種進(jìn)行比較。此外同一個(gè)群落中，有的種的生物量很大，有的生物量很小，標(biāo)準(zhǔn)化后所有物種的生物量都分布在一個(gè)同一個(gè)區(qū)間，便于進(jìn)一步分析。因?yàn)閿?shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化后已經(jīng)不是原來的數(shù)據(jù)，所以畫的圖肯定會(huì)有改變。 第二個(gè)問題：該問題解釋起來比較復(fù)雜。但是你的理解還是不對(duì)的，詳細(xì)的解釋可以參考《基于 CANOCO 的生態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)的多元統(tǒng)計(jì)分析》這本書的“約束排序與置換檢驗(yàn)”這個(gè)章節(jié)。這本書的電子版很容易找到。這章的PDF見： http://image.sciencenet.cn/olddata/kexue.com.cn/upload/blog/file/2009/9/200991213111140966.pdf 第三個(gè)問題：這些圖標(biāo)只是表示方法而已，你可以完全按照自己的喜愛，改成自己想要的圖標(biāo)。在這個(gè)軟件里面是可以改的，在最后畫圖的過程中，去畫圖界面的下拉菜單中改。但是本人感覺這個(gè)軟件的畫圖非常不人性化，畫出的圖也不好看。你可以先保存成emf格式，然后在Coredraw或者photoshop里面改。 希望以上回答對(duì)你有所幫助 |
2樓2013-02-17 07:27:35
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謝謝您，第二個(gè)問題還是不太明白，我看了您說的那一章，還是不太明白。那么P值怎么才算顯著性明顯呢，好些文獻(xiàn)都是看P值，然后進(jìn)行分析。說實(shí)話，我都是自己理解這個(gè)軟件，肯定有很多理解錯(cuò)誤的地方。 另外，我有16個(gè)點(diǎn)，有13個(gè)環(huán)境因子，并不是很好分析。做出來的第一個(gè)first canonical axis的P值為0.288，而all canonical axes的p值為0.002，已經(jīng)是得到的最好結(jié)果了，這樣的結(jié)果我可以分析嗎？ 依此做出來的RDA圖如圖所示，假如這個(gè)結(jié)果是可用的，那么，我這樣解釋可以嗎，“前兩個(gè)排序軸對(duì)物種的解釋量為31.5%和21.3%。所有的排序軸即所選的環(huán)境因子對(duì)物種的總解釋量為83.8%。環(huán)境變量如Corg、pH、N軸較短，對(duì)微生物群落組成的影響很小。重金屬中Pb、Cd、Mn、Co、WSC與第一排序軸呈較大負(fù)相關(guān)，說明第一排序軸明確的反映了Pb、Cd、Mn、Co、WSC的分布情況，即從左到右，Pb、Cd、Mn、Co和水分的含量逐漸降低。與第二排序軸負(fù)相關(guān)性良好的是Zn、Cu、P，說明從下到上，Zn、Cu、P的含量逐漸降低。”其中有一點(diǎn)不太明白，這里面各環(huán)境因子箭頭與軸的夾角是不是表示環(huán)境因子與軸的相關(guān)性呢？那么對(duì)Corg來說，與各個(gè)軸的相關(guān)性都不高，怎么會(huì)夾角這么小呢？ 另外還有個(gè)問題，我怎么將環(huán)境因子與群落信息結(jié)合起來呢？實(shí)心三角代表不同的種群。是不是看群落與哪個(gè)環(huán)境因子的箭頭夾角小，箭頭長(zhǎng)那？像bet來說，與Corg的夾角最小，但是Corg的線那么短，這個(gè)怎么解釋呢？比如這個(gè)圖，我應(yīng)該怎么說？能否舉個(gè)例子呢？ 最后還有個(gè)問題，環(huán)境因子預(yù)選的問題，是這樣子預(yù)選嗎，比如第一個(gè)wsc的特征值是0.147，那么我檢驗(yàn)以后，其P值是0.0020，就可以入選對(duì)吧，然后將其選入后，剩下的因子怎么特征值變了呢，是排除了WSC后重新計(jì)算的特征值嗎，那么要入選這個(gè)是嗎，入選以后再接著計(jì)算，下一個(gè)特征值額P值偏大到0.1，就不可以入選了是嗎？這樣子的話也就只有兩個(gè)值啊。還是不用看P值，直接選特征值大的環(huán)境因子呢？ 問題繁瑣，希望能幫忙解答一下，實(shí)在是不明白的地方很多。 RDA.png 特征值.png 相關(guān)性.png |
3樓2013-02-22 15:55:41
huangk1199
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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晶晶7777: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-02-25 09:56:34
晶晶7777: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-02-25 09:56:34
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共同學(xué)習(xí)CCA分析. 1.所謂的p value，是統(tǒng)計(jì)學(xué)中的一個(gè)顯著性檢驗(yàn)的水平，一般認(rèn)為p<0.05,即達(dá)到了顯著性水平；當(dāng)然也可以根據(jù)你的實(shí)驗(yàn)case自己定p水平的區(qū)間。 2.RDA的圖，判斷某個(gè)指標(biāo)在某個(gè)排序軸的相關(guān)性大小是依據(jù)指標(biāo)在其上的截距大小判定的，而不是所謂的夾角 3.建議先學(xué)習(xí)principal component analysis and correspondence analysis,在解析CCA。 |
4樓2013-02-24 09:55:45
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