 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 795 | 回復(fù): 2 | ||||
[交流]
關(guān)于分子生物學(xué)里的拓?fù)洚悩?gòu)酶的疑問(wèn)（歡迎參與討論，總共送30金幣哦）
|
|
眾所周知，有L=T+W，其中L定義為雙鏈DNA的linking number，T為double helix帶來(lái)的twist數(shù)，W為supercoil帶來(lái)的writhing number。 分別有I類拓?fù)洚悩?gòu)酶和II類拓?fù)洚悩?gòu)酶，其區(qū)別在于I類酶只切斷雙鏈中的一條鏈，然后進(jìn)行拓?fù)洚悩?gòu)，再重連；而II類酶則同時(shí)斷開雙鏈，進(jìn)行拓?fù)洚悩?gòu)后再重連；這I、II兩種酶分別使L值變化1和2。 現(xiàn)已知DNA gyrase是屬于II類酶，并已知該酶能使W值變化1，那么是不是暗示該酶同時(shí)有使T值變化1的解雙螺旋（double helix）活性？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子生化實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)積累 |
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有110人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
邵陽(yáng)學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
湖北師范大學(xué)招調(diào)劑啦
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 請(qǐng)教DNA合成的拓?fù)洚悩?gòu)酶2問(wèn)題？
已經(jīng)有1人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
【招聘】溫州醫(yī)科大學(xué)/附屬醫(yī)院/甌江實(shí)驗(yàn)室李校堃院士團(tuán)隊(duì)誠(chéng)聘博士后和科研人員
+1/185
-
老蟲子的注冊(cè)小木蟲18周年大禮包
+5/150
-
資源利用與植物保護(hù)專碩
+1/86
-
中科院三區(qū)，審稿速度快，期刊Journal of Groundwater Science and Engineering
+1/84
-
留學(xué)--博士招生
+1/50
-
煙臺(tái)大學(xué)環(huán)境與材料工程學(xué)院2026年碩士研究生招生
+1/48
-
2026年武漢紡織大學(xué)材料學(xué)院鄧波教授團(tuán)隊(duì)接收調(diào)劑（碩士生4名）
+1/42
-
濟(jì)南大學(xué)水利與環(huán)境學(xué)院趙艷俠簡(jiǎn)介
+1/38
-
南京林業(yè)大學(xué)化工院有機(jī)合成方向碩士招調(diào)劑
+1/9
-
26年申博自薦-計(jì)算機(jī)視覺(jué)
+1/8
-
齊齊哈爾大學(xué)化學(xué)與化學(xué)工程學(xué)院招收專碩調(diào)劑
+1/5
-
材料成型及控制工程 材料加工工程
+1/5
-
雙非有經(jīng)驗(yàn)之人求調(diào)劑
+1/4
-
天津醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院張恒課題組博士后招聘
+1/3
-
武漢紡織大學(xué)招收碩士研究生調(diào)劑
+1/3
-
2026年江西科技師范大學(xué)Tide課題組招收化學(xué)、生物、藥學(xué)、材料相關(guān)學(xué)碩或?qū)４T調(diào)劑生
+1/3
-
材料與化工 375分 求調(diào)劑
+1/3
-
求調(diào)劑
+1/2
-
浙江大學(xué)國(guó)際健康醫(yī)學(xué)研究院招聘科研助理
+1/2
-
長(zhǎng)江師范學(xué)院化學(xué)工程方向接收大量調(diào)劑考生
+1/2
2樓2013-02-20 13:41:10
小丹木木: 回帖置頂 2013-02-21 08:07:21
|
之前的問(wèn)題焦點(diǎn)在于ATP供能下的DNA gyrase有沒(méi)有解雙螺旋活性，經(jīng)過(guò)思考我得出了否定的結(jié)論，下面進(jìn)行說(shuō)明： 圖：Observer -------------------->左Chromosome右 首先我還是用到公式L=T+W，有所不同的是定義T的絕對(duì)值等于順時(shí)針螺旋數(shù)，W的絕對(duì)值等于逆時(shí)針螺旋數(shù)，如上圖所示，我假設(shè)觀察者從染色體人為定義的左端向人為定義的右端進(jìn)行觀察，那么可以看到染色體是逆時(shí)針螺旋纏繞的，而DNA雙螺旋則是順時(shí)針螺旋，那么我以觀察者的角度人為設(shè)順時(shí)針螺旋數(shù)T為正數(shù)，逆時(shí)針螺旋數(shù)W為負(fù)數(shù)，那么由于染色體本身是處于一個(gè)熱力學(xué)穩(wěn)態(tài)，則可以推出L=T+W=0，這個(gè)推理的邏輯在于如果T和W絕對(duì)值不等，即L≠0時(shí)，染色體肯定是處于一個(gè)需要額外能量維系的非熱力學(xué)穩(wěn)態(tài)，一旦維系該狀態(tài)的能量耗竭，染色體整體會(huì)以0.5L的絕對(duì)值為旋轉(zhuǎn)次數(shù)進(jìn)行與L正負(fù)號(hào)所示螺旋方向相反的旋轉(zhuǎn)以回歸熱力學(xué)穩(wěn)態(tài)，以上說(shuō)明內(nèi)容是大前提。 接著，對(duì)于一個(gè)處于熱力學(xué)穩(wěn)態(tài)的染色體，有L'=T'+W'=0，即-T'=W'。假設(shè)它要開始進(jìn)行DNA復(fù)制或轉(zhuǎn)錄，我將參與DNA復(fù)制的DNA polymerase和參與DNA轉(zhuǎn)錄的RNA polymerase都統(tǒng)稱為apparatus，并假設(shè)apparatus從觀察者近端的染色體左端向右端行進(jìn)，那么隨著apparatus開始復(fù)制/轉(zhuǎn)錄，DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)則開始解開，但解開方式的特殊之處在于該復(fù)制/轉(zhuǎn)錄的過(guò)程是會(huì)消耗能量的，而消耗的能量則使得apparatus前方的DNA雙鏈以遠(yuǎn)離觀察者進(jìn)一步進(jìn)行順時(shí)針螺旋的方式開始apparatus所處區(qū)域的局部解螺旋，如果單是這樣子進(jìn)行下去的最終結(jié)果將會(huì)是染色體整體在獲得了不少能量后其T值變成開始時(shí)的兩倍即T''=2T'，而W''=W'=-T'不變，對(duì)于染色體整體有L''=T''+W''=T'>0，染色體整體處于非熱力學(xué)穩(wěn)態(tài)，具體來(lái)說(shuō)此時(shí)的染色體整體暫時(shí)處于螺旋數(shù)為T'的絕對(duì)值的DNA雙鏈順時(shí)針螺旋狀態(tài)，此時(shí)染色體整體自身不存在任何其它螺旋，是一條直的DNA雙螺旋鏈，顯然該狀態(tài)不能持久，當(dāng)能量耗竭，結(jié)局則會(huì)類似大前提里討論的那樣，形成0.5T'絕對(duì)值為旋轉(zhuǎn)次數(shù)的DNA雙鏈順時(shí)針螺旋，并且染色體整體形成0.5T'絕對(duì)值為旋轉(zhuǎn)次數(shù)的逆時(shí)針螺旋，建立起不同于初始狀態(tài)的全新的熱力學(xué)穩(wěn)態(tài)。 但實(shí)際情況并非如此，在apparatus所處區(qū)域完成了復(fù)制/轉(zhuǎn)錄過(guò)程后，DNA gyrase則開始介入，同樣是ATP供能，DNA gyrase會(huì)在apparatus身后已完成復(fù)制/轉(zhuǎn)錄的區(qū)域以指向觀察者進(jìn)行逆時(shí)針螺旋的方式將解開螺旋的局部區(qū)域重新螺旋，這樣子與apparatus解螺旋同步進(jìn)行的最終結(jié)果就是染色體整體的T值變?yōu)殚_始時(shí)的兩倍即T''=2T'，同時(shí)W值也變?yōu)殚_始時(shí)的兩倍即W''=2W'，那么會(huì)有L''=T''+W''=2T'+2W'=2(T'+W')=2*0=0，即染色體整體最終達(dá)穩(wěn)態(tài)，并且從觀察者角度看染色體的狀態(tài)仍是開始的螺旋數(shù)為T'絕對(duì)值的DNA雙鏈順時(shí)針螺旋，而染色體整體則為旋轉(zhuǎn)數(shù)為W'絕對(duì)值的逆時(shí)針螺旋，一切和初始狀態(tài)一樣，這里要提到的是DNA gyrase為II類拓?fù)洚悩?gòu)酶，ATP功能時(shí)每次反應(yīng)會(huì)引入兩個(gè)逆時(shí)針螺旋，即有可能有多余的一個(gè)逆時(shí)針螺旋存在，此時(shí)I類拓?fù)洚悩?gòu)酶則會(huì)發(fā)揮作用，將多余的一次螺旋給消去。 最后縱觀整個(gè)復(fù)制/轉(zhuǎn)錄過(guò)程，apparatus在染色體整體中引入順時(shí)針螺旋，而DNA gyrase引入逆時(shí)針螺旋，兩者都消耗能量，作用結(jié)果互相抵消，但進(jìn)一步分析可以看到，DNA gyrase在整個(gè)過(guò)程中只起到重新螺旋解旋DNA雙鏈的作用，即使最后可能多出的一次旋轉(zhuǎn)也被I類拓?fù)洚悩?gòu)酶取消，所以總的來(lái)說(shuō)，DNA gyrase是不具有解雙螺旋活性的。 |
3樓2013-02-20 20:29:08
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 瞬身止水 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 調(diào)劑申請(qǐng) +3 | 張張張張zy 2026-03-31 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 083000環(huán)境科學(xué)與工程調(diào)劑，總分281 +4 | 橙子（勝意） 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 304材料求調(diào)劑
+5
|
鐘llll 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料化工340求調(diào)劑 +3 | jhx777 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[碩博家園] 求調(diào)劑 有機(jī)化學(xué)考研356分 +10 | Nadiums 2026-03-25 | 11/550 |
|
|
[考研] 337求調(diào)劑 +6 | 《樹》 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 356求調(diào)劑 +3 | gysy?s?a 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 11408軟件工程求調(diào)劑 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑 +7 | AZMK 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 085602 化工專碩 338分 求調(diào)劑 +12 | 路癡小琪 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3 | raojunqi0129 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +7 | A child 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京航空航天大學(xué)材料學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085405 考的11408求各位老師帶走 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 張芳銘-中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-環(huán)境工程專碩-298 +4 | 手機(jī)用戶 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +5 | 哇盧卡庫(kù) 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 298調(diào)劑 +3 | jiyingjie123 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 求求了收下我吧?/a> 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑求收留 +7 | 果然有我 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | 汪！？！ 2026-03-25 | 7/350 |
|