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yegui808095銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何讓高斯在優(yōu)化結(jié)構(gòu)時(shí)保持其中某個(gè)單鍵不變
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| 我剛接觸高斯，好多東西都不懂。現(xiàn)在老師交給我一個(gè)課題，需要將C60和二苯鉻之間用兩個(gè)單鍵連接起來，兩者之間發(fā)生的是【2+4】加成作用。我搭好結(jié)構(gòu)讓高斯優(yōu)化，每次優(yōu)化完后兩者之間的單鍵都消失了，我想問下為什么？如果我想讓高斯在優(yōu)化結(jié)構(gòu)時(shí)保持這兩個(gè)單鍵一直存在，輸入文件要怎么改？ |
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yegui808095
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5樓2013-02-28 16:17:34
ter20
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可以設(shè)置關(guān)鍵字Opt=modredundant，然后在分子坐標(biāo)下面空一行，寫上需要固定不動(dòng)的原子編號(hào)，后面空一格加上F，比如一個(gè)丙烷分子，需要固定C-C鍵，輸入文件如下 # hf/3-21g opt=modredundant title 0 1 C 0.04464286 0.02976190 0.00000000 H 0.40131570 0.53416009 0.87365150 H 0.40131570 0.53416009 -0.87365150 H -1.02535714 0.02977509 0.00000000 C 0.55795857 -1.42217025 0.00000000 H 0.20128633 -1.92656823 0.87365187 H 0.20128514 -1.92656865 -0.87365114 H 1.62795857 -1.42218343 -0.00000073 1 F 5 F |
2樓2013-02-26 22:17:25
hairan
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你說的單鍵消失是如何判定的需要明確一下。 如果僅僅是用GaussView打開時(shí)發(fā)現(xiàn)需要連鍵的原子之間沒有連鍵，還不足以判定單鍵消失。 GaussView顯示的連不連鍵是由該軟件內(nèi)置的原子半徑閾值之和決定的。不能說GaussView顯示連鍵你就認(rèn)為是成鍵，而它顯示不連鍵你就認(rèn)為不成鍵。 你需要用自己的化學(xué)和結(jié)構(gòu)學(xué)知識(shí)根據(jù)實(shí)際原子間距和原子間的成鍵水平（運(yùn)行個(gè)NBO）等情況來綜合判斷。 |
3樓2013-02-28 09:04:41
yegui808095
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4樓2013-02-28 16:15:05
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