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little_lion木蟲 (小有名氣)
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[求助]
trjconv命令等間隔輸出pdb
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| 求教如何用trjconv命令等間隔地輸出pdb，比如輸出，0ps,2ps,4ps,6ps的構(gòu)型呢？ |
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木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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little_lion: 金幣+15, ★★★★★最佳答案, 非常感謝你的幫助，祝你科研順利 2013-03-09 14:16:16
little_lion: 金幣+15, ★★★★★最佳答案, 非常感謝你的幫助，祝你科研順利 2013-03-09 14:16:16
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使用-sep選項(xiàng)就可以 可以根據(jù)你的.mdp文件中設(shè)置的輸出步長(zhǎng)，例如： nstxout = 1000 ; save coordinates every 2 ps 那你就可以直接使用 trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -o conf.pdb -sep 這樣就可以直接每隔2ps輸出一個(gè)pdb，即輸出，0ps, 2ps, 4ps, 6ps, ..., 構(gòu)型，分別自動(dòng)命名為conf0.pdb，conf1.pdb，conf2.pdb，conf3.pdb，...。 如果.mdp文件中設(shè)置的輸出步長(zhǎng)小，如為100 就可以再加上-skip 9選項(xiàng)，即： trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -skip 9 -o conf.pdb -sep 就可以達(dá)到相同的效果。 希望能幫到你~~~ |
4樓2013-03-09 11:22:14
2樓2013-02-27 16:57:41
469187892
銀蟲 (小有名氣)
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3樓2013-03-02 15:06:17
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