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xiaosaizhao金蟲 (小有名氣)
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[求助]
現(xiàn)有的NAMD 可以用的parameter file里面有沒有環(huán)氧基團的參數(shù)？
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| 我要做一個關(guān)于聚甲基丙烯酸甲酯的NAMD的分子模擬。下載了Mackerrel他的網(wǎng)站上提供的toppar文件，但是找不到環(huán)氧基團的參數(shù)。有沒有蟲友可以幫助我提供相關(guān)信息？？萬分感謝。 |
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5樓2013-02-28 15:16:25
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環(huán)氧基團？就是用環(huán)內(nèi)醚的參數(shù)啊。。。有啊 MASS 374 OG3C51 15.99940 ! 5-mem furanose ring oxygen (ether) MASS 375 OG3C61 15.99940 ! DIOX, dioxane, ether in 6-membered ring !SHOULD WE MERGE THIS WITH OG3R60??? charmm cgenff力場里面 |
2樓2013-02-28 11:47:21
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呃。。上面那個貼錯了。。抱歉 你把PDB文件貼到https://www.paramchem.org/試試，應該能自動產(chǎn)生一個拓撲文件的 |
3樓2013-02-28 11:49:53
xiaosaizhao
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4樓2013-02-28 14:48:37
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