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jini1989銀蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于materails studio中臭氧建模的問(wèn)題，請(qǐng)前輩指教一下
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小弟在做有關(guān)臭氧的吸附問(wèn)題，但是在建臭氧模型的時(shí)候遇到點(diǎn)小問(wèn)題，開(kāi)始鍵臭氧的時(shí)候臭氧的O-O鍵用的是partical double bond，但是打開(kāi)monitor bonding（監(jiān)視鍵）之后在我的筆記本上自動(dòng)變成一個(gè)單鍵和三鍵，但在實(shí)驗(yàn)室服務(wù)器的電腦上是一個(gè)單鍵一個(gè)雙鍵，這是怎么回事，對(duì)后來(lái)的吸附有影響嗎？望高手指教一下，不勝感激。 O3.jpg O31.jpg |
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zxy964777869
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-03-03 09:31:21
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在吸附之前，對(duì)臭氧優(yōu)化了么,分子這么小，最好MD之前，對(duì)單個(gè)分子進(jìn)行第一性原理優(yōu)化，比如選用DMOL3，選用UHF單重態(tài)計(jì)算，和已有鍵長(zhǎng)，電荷值對(duì)比，看看結(jié)果。 具體的單三鍵臭氧對(duì)結(jié)果是否用影響，還要看計(jì)算中的力場(chǎng)分配的分子類型以及力場(chǎng)參數(shù)的準(zhǔn)確性。 |
2樓2013-03-02 23:15:52
jini1989
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3樓2013-03-03 10:03:34
zxy964777869
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【答案】應(yīng)助回帖
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jini1989: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝，很有幫助 2013-03-03 15:00:13
jini1989: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 謝謝，很有幫助 2013-03-03 15:00:13
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這應(yīng)該和你MS當(dāng)中的bond option的設(shè)置有關(guān)，你如果設(shè)置為共振式，臭氧分子在相應(yīng)的bond-length tolerance下顯示為共振式，就是你的O3.jpg，設(shè)置為kekule式，則相應(yīng)的變化為單雙鍵。 確實(shí)，你如果做MD，鍵結(jié)關(guān)系會(huì)影響力場(chǎng)類型的分配正確與否，但是你可以根據(jù)文獻(xiàn)相應(yīng)的設(shè)置原子類型，改變成鍵等等。 如果你做分子軌道QM計(jì)算，有沒(méi)有顯示鍵都是浮云，成鍵只是符合傳統(tǒng)價(jià)鍵理論的一個(gè)顯示，而分子軌道理論依據(jù)的分子波函數(shù)，滿足BO近似，只和電子狀態(tài)的排布有關(guān)，打個(gè)比方，人為的顯示三鍵或者顯示雙鍵，電子狀態(tài)有什么改變么？明顯的是沒(méi)有。 所以具體成鍵有沒(méi)有影響，還要看你研究的方法，是分子軌道理論，還是價(jià)鍵理論，或者分子力學(xué)等。 |
4樓2013-03-03 10:59:35
jini1989
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5樓2013-03-03 14:58:36
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