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yyhxwhd

新蟲 (初入文壇)

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注冊: 2012-02-20
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專業(yè): 理論和計算化學

[求助] 跪求腳本運行方法

這是候柱鋒的講義里面第一VASP腳本
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR < system=Si-diamond
encut=$i
istart=0;icharg=2
ismear=-5
prec=accurate
!
echo "ENCUT=$i eV"; time vasp#這里好像有問題
E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n",$5}''
echo $i $E >> comment
done
我們提交作業(yè)用如下的vasp.pbs腳本
#!/bin/bash

#PBS -N vasp
#PBS -lnodes=1:ppn=8
#PBS -q q3
#PBS -e err
#PBS -o out

echo $PBS_O_WORKDIR
NCPUS=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}'`
echo $NCPUS

#Run your executable
#echo starting
#date

cd $PBS_O_WORKDIR

/share/apps/mpi/openmpi/bin/mpirun -np $NCPUS -machinefile $PBS_NODEFILE --mca btl openib,self --mca btl_tcp_if_exclude lo,eth0 /share/apps/vasp/vasp5 > runlog

#date
#echo ending

跪求大神指點如何運行第一個腳本計算不同ENCUT下的TOTEN值放到comment文件中

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1樓 2013-03-10 23:23:31

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

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