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lsss木蟲(chóng) (正式寫手)
121-水手
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[求助]
關(guān)于miRNA預(yù)測(cè)問(wèn)題
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最近在做生物信息學(xué)預(yù)測(cè)miRNA，已經(jīng)用Vienna RNAfold（本地版）預(yù)測(cè)完二級(jí)結(jié)構(gòu)，但不知道要怎樣獲得最終的pre-miRNA和成熟miRNA。本人新手，著急啊，希望大家?guī)兔�，謝謝！ ps：我看很多文章都用Mfold3.2預(yù)測(cè)完二級(jí)結(jié)構(gòu)，就得到了成熟miRNA。Mfold3.2和Vienna RNAfold預(yù)測(cè)結(jié)果差別很大嗎？我看資料說(shuō)二者的算法是一樣的？ 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果 >oviAri1_ct_UserTrack_3545_mmu-miR-5110 range=chr1:574503-574921 5'pad=200 3'pad=200 strand=- repeatMasking=none CAGCCAUACAGCGGACGGAGCGCGUCGGGACACACCUUGUUUGAACUAUUUGUUAGAAACGUUUUUAGGAUCCAGUUUAUAAAUAAACACGAGCACCGAGCAGUGUCCAGCGGGUUCAGGUGGCCGGCAGGAGCAGGCGGGGGCUCACACCAGCCACUGAUACUCGGGGGGUGAUGCGGAGCCGGGCAGGGCUGCUGAGGGGAGGAGGUAGUGGGUGGUGAGAAGGUGGGCGCAGGGCAGGUCUUGGGCGGGAGCUGGAGGGUUUCCAUCCACACAGGUCCCCCCCGCCGACCGUGUCCAGUCUCCUGUCUCCCGGCCAGUGGCGCUCAGGGGUGGACGGGUGGUGAGAAGGUGGGCGCAGGGCAGGUCUUGGGCGGGAGCUGGAGGGUUUCCAUCCACACAGGUCCCCCCCGCCGACC ..(((.....((.((((.....))))......((((((.((...((((((((((....((..((((((.((((.(((((....)))))....((.(((.(((.(..((..(((((...((((((.((...((((........))))...)).))))))...)))))..))..).))).....))))).))).).)))))).(((..(.((.(((.(((.(((((((.((((...(((((((((.((((.((((.((((.((((....)))).).))).)))).))))..)))).))))).))))))).))))))).))).)).).)))....)).)))))))))))).)))))).))....))).((((.((((.((((.((((.((((....)))).).))).)))).))))..)))) (-173.20) >oviAri1_ct_UserTrack_3545_bta-miR-2340 range=chr1:581896-582311 5'pad=200 3'pad=200 strand=+ repeatMasking=none GAGUCUGAGUAGCCUCCUAUUCCUAUGGGGUCCACCUACAUCUGAGACAGUUNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAGAGAACAACCACCCCAACUAGCCAGGAAACCUACUCCAAAUGAGCACAGGGUCCCUCAACUGUCCCUCUCCUACGUUUGUCUUUUUCUUCCAAAUGCCCGCCUGGGACUUCCCUGGUGGUCGGGGGCUAAACCUUCGUGCUCCCAACUCGAGGGGCUUGGGUUUAAUCCCCGGUCAAGGAGCUACAUCCUACAUGCUGCAGCUGAAGCCCAGUGCCGCCAGAUUAAAGCACGCAUGUGCACGUGUGUGUGUGCGCGUGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN .((((((.(((((.((((.......((((((.........(((...................................................)))........))))))....((((((...(((.(((.....)))...)))...........(((((.......((((((...........)))))).......)))))...))))))(..(((((..(((((((....(((((........)))))..)))))))..)))))..).))))))))).........((.(((.(((.....)))))).))))))))...((.((((((..((....))..)))))).))................................................................ (-104.91) |
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