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agnona

木蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 分離過程

[求助] gromacs添加residue后二面角出錯

大家好。
我將prodrg給出的top file，利用itp2rtp的那個軟件包進(jìn)行了格式轉(zhuǎn)換，之后拷貝進(jìn)了力場文件，并在atomtype中添加了residue的原子類型，之后運(yùn)行pdb2gmx很順利的運(yùn)行了。但是在grompp的時候，出現(xiàn)了這樣的錯誤：

Fatal error ：Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Improper Dih..！

我也查了一些帖子和官網(wǎng)的錯誤信息，都說是improper 二面角的格式問題，但是實(shí)在是沒有弄明白具體是哪兒出了問題，求高人指點(diǎn)。

具體的文件如下，我是直接轉(zhuǎn)換格式之后，沒有做修改就拷貝進(jìn)rtp文件中的。

  [ impropers ]
  CAD  OAX  CAB  CAG    0.000 167.4
  CAB  CAD  CAA  HAB    0.000 167.4
  CAG  CAE  OAY  CAD    0.000 167.4
  CAE  CAG  CAC  HAE    0.000 167.4
  CAC  CAE  CAA  HAC    0.000 167.4
  CAA  CAF  CAC  CAB    0.000 167.4
  CAM  CAQ  OAW  CAH    0.000 167.4
  CAT  CAQ  OAV  CAU    0.000 167.4
  CAN  CAO  CAK  CAL    0.000 167.4
  CAL  CAN  CAJ  HAL    0.000 167.4
  CAK  CAN  CAI  HAK    0.000 167.4
  CAI  CAK  CAS  HAI    0.000 167.4
  CAS  CAI  OAZ  CAJ    0.000 167.4
  CAJ  CAL  OBA  CAS    0.000 167.4
  CAN  CAL  CAJ  CAS    0.000 209.3
  CAL  CAJ  CAS  CAI    0.000 209.3
  CAJ  CAS  CAI  CAK    0.000 209.3
  CAS  CAI  CAK  CAN    0.000 209.3
  CAI  CAK  CAN  CAL    0.000 209.3
  CAK  CAN  CAL  CAJ    0.000 209.3
  CAD  CAB  CAA  CAC    0.000 209.3
  CAB  CAA  CAC  CAE    0.000 209.3
  CAA  CAC  CAE  CAG    0.000 209.3
  CAC  CAE  CAG  CAD    0.000 209.3
  CAE  CAG  CAD  CAB    0.000 209.3
  CAG  CAD  CAB  CAA    0.000 209.3
  [ dihedrals ]
  CAG  CAD  OAX  CAP    180.000 16.7       2
  CAD  CAG  OAY  HAY    180.000    7.1       2
  CAH  CAF  CAA  CAB    180.000    5.9       2
  CAM  CAH  CAF  CAA    180.000    5.9       2
  CAQ  CAM  CAH  CAF    180.000    5.9       2
  CAT  CAQ  CAM  CAH    0.000    1.0       6
  CAM  CAQ  CAT  CAU    0.000    1.0       6
  CAO  CAU  CAT  CAQ    180.000    5.9       2
  CAN  CAO  CAU  CAT    180.000    5.9       2
  CAK  CAN  CAO  CAU    180.000    5.9       2
  CAI  CAS  OAZ  HAZ    180.000    7.1       2
  CAL  CAJ  OBA  CAR    180.000 16.7       2

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1樓 2013-03-15 11:57:04

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