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zhoudeyuan銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
納米壓痕過(guò)程中程序出錯(cuò)，哪位大神幫我解答下！
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我的納米壓痕程序如下，運(yùn)行結(jié)束后，牛頓原子層很不穩(wěn)定，且log文件提示錯(cuò)誤，不知道哪位大神能夠幫我解答下，小弟萬(wàn)分感謝！ # 3d contact simulation(Sphere_Slid) units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic neighbor 3.0 bin neigh_modify delay 5 newton on # create geometry region box block 0.0 40.0 0.0 40.0 0.0 50.0 units box create_box 4 box mass 1 29.0 mass 2 29.0 mass 3 29.0 mass 4 12.0 # atom regions region reg block 0.0 40.0 0.0 40.0 0.0 25.0 units box region reg1 block 3.0 37.0 3.0 37.0 3.0 25.0 units box region newtonian_layer block 8.0 32.0 8.0 32.0 8.0 25.0 units box region asperity sphere 20 20 30 5 units box lattice diamond 5.431 create_atoms 1 region reg units box lattice diamond 3.5667 create_atoms 2 region asperity units box # Tersoff Potentials pair_style tersoff pair_coeff * * SiC.tersoff Si Si Si C # define groups group reg region reg group reg1 region reg1 group newtonian_layer region newtonian_layer group thermostat_layer subtract reg1 newtonian_layer group boundary_layer_down subtract reg reg1 group asperity region asperity group integrater union reg asperity set group newtonian_layer type 1 set group thermostat_layer type 2 set group boundary_layer_down type 3 set group asperity type 4 # initial velocities compute newTemp thermostat_layer temp velocity thermostat_layer create 293.0 5812775 temp newTemp units box # fixed fix 1 integrater nve fix 2 boundary_layer_down setforce 0.0 0.0 0.0 velocity newtonian_layer set NULL NULL NULL units box velocity thermostat_layer create 293.0 5812775 temp newTemp units box fix 3 thermostat_layer temp/rescale 10 293.0 293.0 10 1 fix_modify 3 temp newTemp fix 4 asperity setforce 0.0 0.0 0.0 compute forcez newtonian_layer property/atom fz compute force newtonian_layer reduce sum c_forcez compute forcex newtonian_layer property/atom fx compute lateralforce newtonian_layer reduce sum c_forcex timestep 0.001 thermo 5 thermo_style custom step temp press pe ke etotal c_force c_lateralforce vol thermo_modify temp newTemp dump 1 all atom 50 dump.contact_block_slid fix 6 asperity move linear 0.0 0.0 -1.0 units box run 2000 fix 6 asperity move linear 0.0 0.0 1.0 units box run 2000 log文件出錯(cuò)： WARNING: Temperature for thermo pressure is not for group all (thermo.cpp:432) WARNING: One or more atoms are time integrated more than once (modify.cpp:216)， 我不知道問(wèn)題出在哪兒了，希望高手給予指點(diǎn)，謝謝！ |
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第一個(gè)問(wèn)題手冊(cè)里有說(shuō)明。 第二個(gè)是對(duì)asperity的原子重復(fù)移動(dòng)了， integrater組理包含了asperity， 所以fix 1 integrater nve 對(duì)asperity的原子多了一次位移。 |
2樓2013-03-22 09:02:09
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