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tlq615木蟲 (小有名氣)
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[求助]
EST序列拼接是否需要選擇 Repeat Masking
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我在使用EGassembler拼接大約20萬條EST序列，發(fā)現(xiàn)如果不選擇Repeat Masking 這一步，在拼接結(jié)果中搜索到的SSR數(shù)量遠(yuǎn)高于進(jìn)行了Repeat Masking這一步（大約是2-3倍的差異）。 想請(qǐng)問一下各位生物信息學(xué)高手，如果我是為了統(tǒng)計(jì)拼接序列中的SSR數(shù)量，該不該選擇Repeat Masking這一步？并希望能盡可能詳細(xì)地解釋一下原因，謝謝！ |
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tlq615
木蟲 (小有名氣)
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2樓2013-03-28 16:48:35
zhangyanfangyes
銅蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 果樹學(xué)
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這個(gè)你怎么拼接的，正在學(xué)習(xí)EST序列拼接，用得到的unigene。 http://egassembler.hgc.jp/是這個(gè)地址嗎 |
3樓2014-04-28 17:22:02
4樓2015-11-05 01:41:15
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