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相約南藥木蟲 (正式寫手)
藥物上將
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[求助]
amber熵 計算報錯
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我在amber官網(wǎng)tutorial中，下載其給定的.protop和.mdcrd、mmpbsa.in文件，用mmpbsa.py 跑動力學，總是報錯，其氨基酸數(shù)目：250。我們實驗室服務器為4核PC機，總是出現(xiàn)以下錯誤： 1號服務器： l2039@ubuntu:~/1$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/l2039/1/mmpbsa.in -o /home/l2039/1/RESULTS_MMPBSA-10.dat -sp /home/l2039/1/1err.solvated.prmtop -cp /home/l2039/1/complex.prmtop -rp /home/l2039/1/receptor.prmtop -lp /home/l2039/1/ligand.prmtop -y /home/l2039/1/1err_prod.mdcrd > progress.log Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed Killed 2號服務器： han@ubuntu:~/shang-1$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i /home/han/shang-1/mmpbsa.in -o /home/han/shang-1/RESULTS_MMPBSA-10.dat -sp /home/han/shang-1/1err.solvated.prmtop -cp /home/han/shang-1/complex.prmtop -rp /home/han/shang-1/receptor.prmtop -lp /home/han/shang-1/ligand.prmtop -y /home/han/shang-1/1err_prod.mdcrd > progress.log FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() FATAL: allocation failure in vector() 雖然提示這些錯誤，但依舊運行，不過所得到的結果文件 .dat中，提示沒有進行熵的運算~ |
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