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ADCH電荷與 Hirshfeld
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看了sob等提出的ADCH 電荷的文章以及MultiWfn，想試著用一下。 有幾個(gè)問題： 1。ADCH電荷的計(jì)算中，需要提供wfn文件。對(duì)于有贗勢(shì)的原子，wfn中好像沒有相關(guān)信息，對(duì)這樣的體系，那么ADCH電荷還可以用嗎？ 2。MultiWfn自帶了算wfn的過程，請(qǐng)問計(jì)算使用的方法與基組與算整個(gè)分子時(shí)用的計(jì)算方法不同，這個(gè)影響很小，是嗎？另外計(jì)算原子時(shí)我看很多就用閉殼層算的，不是原子實(shí)際上的基態(tài)，這個(gè)對(duì)電荷分析過程也是影響很小，是嗎？ 3。 G09算Hirshfeld電荷，如果給關(guān)鍵詞HirshfeldEE，就會(huì)直接給出QQ，QD以及DD相互作用矩陣以及總的相互作用能，這是不是說明G09中的Hirshfeld方法中，已經(jīng)包含了原子Dipole的相互作用？ 參考文獻(xiàn) [1] Lu, T.; Chen, F. W. Atomic Dipole Moment Corrected Hirshfeld Population Method, Journal of Theoretical & Computational Chemistry 2012, 11, 163-183. [2] 盧天, 陳. 原子電荷計(jì)算方法的對(duì)比, 物理化學(xué)學(xué)報(bào) 2012, 28, 1-18. [3] Lu, T.; Chen, F. W. Multiwfn: A Multifunctional Wavefunction Analyzer, J. Comput. Chem. 2012, 33, 580-592. |
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2樓2013-04-02 11:44:27
sobereva
至尊木蟲 (著名寫手)
本人已永久離開小木蟲
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+6 2013-04-02 17:05:36
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+6 2013-04-02 17:05:36
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不對(duì)稱的問題是原子的波函數(shù)文件對(duì)應(yīng)的密度沒有球?qū)ΨQ化所導(dǎo)致的。所以我特別強(qiáng)調(diào)要對(duì)原子波函數(shù)先進(jìn)行球?qū)ΨQ化處理（此文后半部分有具體說明：《使用Multiwfn作電子密度差圖》http://hi.baidu.com/sobereva/item/96eaeb5dd1b12309e7c4a5c1） 球?qū)ΨQ化是個(gè)難搞的問題。雖然用Multiwfn調(diào)用Gaussian計(jì)算原子波函數(shù)文件會(huì)自動(dòng)做球?qū)ΨQ化，但是這前提是得到的組態(tài)必須正確（諸如B3LYP/6-31G*肯定沒問題），然而當(dāng)某些方法和基組相組合時(shí)，得到的組態(tài)可能不對(duì)，因此Multiwfn處理后并沒有真正將密度球?qū)ΨQ化。這時(shí)得手動(dòng)去修改wfn文件，然后對(duì)它作個(gè)密度的等值面圖，看看是否很像球形。 球?qū)ΨQ化問題主要是對(duì)過渡元素而言，對(duì)于主族元素處理起來很簡單。 所以結(jié)果不對(duì)稱不是Hirshfeld或者ADCH方法的問題，而是具體運(yùn)算上的問題。 以后可能會(huì)給Multiwfn增加個(gè)功能，直接用s型高斯函數(shù)自動(dòng)擬合密度，這樣就總能確保球?qū)ΨQ了。其實(shí)高斯計(jì)算Hirshfeld電荷時(shí)用的就是類似這樣的事先擬合好的密度，但是卻沒有說清楚密度是什么級(jí)別下得到的，如果和當(dāng)前計(jì)算條件相差較多，那么Hirshfeld電荷并不準(zhǔn)確。 1 贗勢(shì)可以用。將自行提供的贗勢(shì)下計(jì)算（并且自行將之球?qū)ΨQ化好了）的原子波函數(shù)文件放到atomwfn文件夾下即可，Multiwfn會(huì)自動(dòng)使用它。也可以直接讓Multiwfn在相應(yīng)贗勢(shì)下自動(dòng)計(jì)算（不過用使用贗勢(shì)時(shí)不敢保證能正確自動(dòng)地球?qū)ΨQ化）。 2 方法、基組不一定非得嚴(yán)格一致，大概在一個(gè)水平就行了，影響不大。有的的確不是自動(dòng)在基態(tài)算的，諸如碳，Multiwfn自動(dòng)用的是sp3組態(tài)算的，因?yàn)檫@樣密度直接就是滿足球?qū)ΨQ的。實(shí)際上，以原子的什么狀態(tài)為參考態(tài)，這有很大任意性。 3 G09并沒有把原子偶極矩等效地體現(xiàn)到原子電荷里。確實(shí)G09會(huì)輸出原子偶極矩之類的以及一些相互作用數(shù)據(jù)，但我曾驗(yàn)證過，G09輸出的原子偶極矩是錯(cuò)的。至于目前最新的版本是否修正了我沒檢驗(yàn)過。 |
3樓2013-04-02 15:53:53
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