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[求助]
NBO計算中二級微繞能的取值的問題
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輸入文件是%chk=GDC65-11nboc.chk %mem=600MW %nproc=6 #p b3lyp/6-31+g(d,p) pop=nboread linux計算結(jié)束轉(zhuǎn)到win下后，問題一：在Chemcraft的Tools菜單下選擇Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中會出現(xiàn)幾種軌道類型。我們關(guān)心的是NBO，故選第一個。為什么我的出現(xiàn)的是Could not read orbitals from the file. 備注：我有FILE.31--FILE.41文件的。也是正常結(jié)束的。 問題二：可以在Chemcraft下Source下找到Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis 二階微擾能的數(shù)據(jù)，我想知道的是Donor NBO 和 Acceptor NBO 到底取的是哪個呢？ 對于C6+ 與GD來說 ，主要是C6+上的C2-H6與GD上的O35-H38之間存在相互作用。 理解1：取的是E(2)數(shù)值最大的 理解2：取的是相互的鍵的能量值，這個供電子提可以是BD,也可以是LP的吧？ 輸出數(shù)據(jù)為： Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis E(2) Donor NBO (i) Acceptor NBO (j) kcal/mol within unit 1 1. BD ( 1) C 1 - C 2 BD*( 1) N 4 - C8 4.24 1.05 0.060 1. BD ( 1) C 1 - C 2 BD*( 1) N 12 - C13 4.36 1.05 0.061 2. BD ( 2) C1 - C 2 LP ( 1) N 12 219.73 0.02 0.0888 8. BD ( 2) C 3 - N 4 LP ( 1) N 12 21.77 0.10 0.073 124. LP ( 1) N 12 BD*( 2) C 1 - C 2 29.19 0.28 0.087 124. LP ( 1) N 12 BD*( 2) C 3 - N 4 83.29 0.21 0.120 from unit 1 to unit 2 5. BD ( 1) C 2 - H 6 BD*( 1) O35 - H38 49.29 1.13 0.211 from unit 2 to unit 1 44. BD ( 1) O 35 - H 38 BD*( 1) C 2 - H 6 3.12 1.22 0.055 44. BD ( 1) O 35 - H 38 BD*( 1) C 2 - N 12 5.23 1.17 0.070 127. LP ( 1) O 35 BD*( 1) C 2 - H 6 0.90 1.01 0.027 within unit 2 823. BD*( 2) C 26 - C 29 BD*( 2) C 32 - C 34 177.25 0.02 0.078 825. BD*( 2) C 28 - C 30 RY*( 3) C 28 2.72 0.55 0.076 825. BD*( 2) C 28 - C 30 RY*( 1) O 35 0.55 0.63 0.037 825. BD*( 2) C 28 - C 30 BD*( 2) C 26 - C 29 269.66 0.01 0.079 825. BD*( 2) C 28 - C 30 BD*( 2) C 32 - C 34 117.41 0.03 0.083 對于C6+ 與GD來說 ，主要是C6+上的C2-H6與GD上的O35-H38之間存在相互作用。所以取的數(shù)值應(yīng)該如下：這樣取對不對呀？ Donor NBO (i) Acceptor NBO (j) E(2) kcal/mol 5. BD ( 1) C2 - H 6 BD*( 1) O 35 - H 38 49.29 44. BD ( 1) O35 - H38 BD*( 1) C 2 - H 6 3.12 127. LP ( 1) O 35 BD*( 1) C 2 - H 6 0.90 問題三： within unit 1 ，from unit 1 to unit 2， from unit 2 to unit 1， within unit 2假如是分析整個分子之間的相互作用，到底從哪個里面去最大的呢，還是說取所有的里面最大的呢？ 我看過NBO輸出文件各部分的含義詳解.pdf和GUASSIAN中的NBO計算結(jié)果分析.DOC了，可是對于上面的問題還是搞不清楚。希望得到幫助 |
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2樓2013-04-04 14:42:12
3樓2013-04-04 21:43:15
【答案】應(yīng)助回帖
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萱月琪琪: 金幣+30, ★★★很有幫助, 非常感謝，但是我還是沒搞清楚到底是怎么回事，期待您的再次回答。 2013-04-21 10:32:20
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This is carried out by examining all possible interactions between "filled" (donor) Lewis-type NBOs and "empty" (acceptor) non-Lewis NBOs, and estimating their energetic importance by 2nd-order perturbation theory. Since these interactions lead to loss of occupancy from the localized NBOs of the idealized Lewis structure into the empty non-Lewis orbitals (and thus, to departures from the idealized Lewis structure description), they are referred to as "delocalization" corrections to the zeroth-order natural Lewis structure. For each donor NBO (i) and acceptor NBO 0, the stabilization energy E(2) associated with delocalization ("2e-stabilization7') i + j is estimated as E(2)=△Eij=qi*F(i,j)^2/(Ej-Ei) where q, is the donor orbital occupancy, E,, E, are diagonal elements (orbital energies) and F(i,j) is the off-diagonal NBO Fock matrix element. [In the example above, the nN + a& interaction between the nitrogen lone pair (NBO 8) and the antiperiplanar C1-H3 antibond (NBO 24) is seen to give the strongest stabilization, 8.13 kcallmol.] As the heading indicates, entries are included in this table only when the interaction energy exceeds a default threshold of 0.5 kcallmol. |
4樓2013-04-19 21:30:52
5樓2013-04-21 10:31:35
6樓2013-04-21 20:29:58
7樓2013-04-22 09:58:15
【答案】應(yīng)助回帖
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萱月琪琪: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 我現(xiàn)在徹底明白了 謝謝了 2013-04-23 17:51:08
萱月琪琪: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 我現(xiàn)在徹底明白了 謝謝了 2013-04-23 17:51:08
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有兩個unit就是兩個分子作用嗎？這個我不是很清楚，因為我算過一個大分子，也有unit2，而這個大分子是對稱的，也就是說如果那個分子片段可以用來做unit2的話，對稱的另一塊應(yīng)該也可以，但是結(jié)果文件中沒有給出來。這個unit具體是什么意義以及是怎么產(chǎn)生的，我也很想知道呢，希望有大神回答。 理解2：取的是相互的鍵的能量值，這個供電子提可以是BD,也可以是LP的吧？這個應(yīng)該是看你的研究對象，想要研究的是什么就找什么信息吧。我們實驗室還找過LP*》BD*的。 |
8樓2013-04-22 20:51:55
9樓2013-04-23 09:14:59
10樓2013-12-16 12:04:09
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