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茜茜公主1205新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
怎么判斷QTL中增效基因（加性效應(yīng)）是來(lái)自父本還是母本？急急急 已有2人參與
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| 怎么判斷QTL中增效基因（加性效應(yīng)）是來(lái)自父本還是母本？急急急 |
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latchkeyboy
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【答案】應(yīng)助回帖
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我用QTL IciMapping軟件定位的QTL能看到每一個(gè)QTL的Add值，即加性效應(yīng)，若值為正數(shù)，則表示增效基因來(lái)自母本，反之來(lái)自父本。 參考文獻(xiàn) 55. 呂品 等. 向日葵高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建及兩種水分條件下芽期性狀的 QTL分析. 作物學(xué)報(bào), 2017. 43(1): 19-30. 56. Zhang, Z. 等. Construction of a high-density genetic map by specific locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) and its application to quantitative trait loci (QTL) analysis for boll weight in upland cotton (Gossypium hirsutum.). Bmc Plant Biology, 2016. 16(1): 79. |
2樓2018-02-08 20:18:14
latchkeyboy
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3樓2018-08-27 09:01:32
SONGGAYY
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【答案】應(yīng)助回帖
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確定每個(gè)QTL上有利等位基因的來(lái)源是把作圖結(jié)果應(yīng)用于分子育種的前提[15]。假設(shè)一個(gè)QTL上有兩個(gè)等位基因Q或q，分別代表兩個(gè)親本中的等位基因，這樣就有3種可能的基因型：QQ、Qq和qq。我們用 表示P1（QQ）的平均表現(xiàn)， 表示P2（qq）的平均表現(xiàn)， 表示F1（Qq）的平均表現(xiàn)，并且qq代表較小的親本基因型，QQ表示較大的親本基因型。m表示中親值，即兩個(gè)親本的平均值，記為 。親本離中親值的距離為a，或者說(shuō) ，即a為大值親本（QQ）與小值親本（qq）之差的一半，是正值。F1離中親值m的離差為d，其值可正可負(fù)（圖5）。親本與中親值之差a稱為加性效應(yīng)，F(xiàn)1與中親值之差d稱為顯性效應(yīng)，這就是經(jīng)典數(shù)量遺傳中的加顯性遺傳模型[3]。Q對(duì)q并不一定具有顯性，只表示取較大值或有較大的效應(yīng)，所以可以是無(wú)顯性，可以是部分顯性，也可以是完全顯性或超顯性[3]。 QTL作圖中常用2、1和0分別表示3種標(biāo)記或QTL的基因型，以親本Harrington和TR306衍生的大麥DH群體[4,8,16]為例。親本Harrington和TR306的平均粒重分別為38.7 mg和45.0 mg，QTL作圖時(shí)分別用2表示Harrington的標(biāo)記型、0表示TR306的標(biāo)記型。因此如果加性效應(yīng)為正，說(shuō)明Harrington攜帶的等位基因起到增加粒重的作用，TR306攜帶的等位基因則起到降低粒重的作用；如果某個(gè)QTL加性效應(yīng)為負(fù)值，說(shuō)明Harrington攜帶的等位基因起到降低粒重的作用，TR306攜帶的等位基因則起到增加粒重的作用。從表5的結(jié)果來(lái)看，9個(gè)被檢測(cè)到的控制粒重的QTL中有6個(gè)具有負(fù)的加性效應(yīng)，說(shuō)明這6個(gè)QTL上提高粒重的等位基因來(lái)源于粒重較高的親本TR306，但親本Harrington在qKWT2-1、qKWT2-3和qKWT3-2這3個(gè)QTL上攜帶著提高粒重的等位基因，這些基因解釋了群體中的超親分離現(xiàn)象。育種中高粒重一般來(lái)說(shuō)是理想性狀，因此在利用粒重QTL作圖結(jié)果開(kāi)展單標(biāo)記或區(qū)間標(biāo)記輔助選擇時(shí)，對(duì)qKWT2-1、qKWT2-3和qKWT3-2應(yīng)該選擇親本Harrington的標(biāo)記類型，其他QTL應(yīng)該選擇親本TR306的標(biāo)記類型，這樣才能選擇到所有增加粒重的等位基因。 引自確定每個(gè)QTL上有利等位基因的來(lái)源是把作圖結(jié)果應(yīng)用于分子育種的前提[15]。假設(shè)一個(gè)QTL上有兩個(gè)等位基因Q或q，分別代表兩個(gè)親本中的等位基因，這樣就有3種可能的基因型：QQ、Qq和qq。我們用 表示P1（QQ）的平均表現(xiàn)， 表示P2（qq）的平均表現(xiàn)， 表示F1（Qq）的平均表現(xiàn)，并且qq代表較小的親本基因型，QQ表示較大的親本基因型。m表示中親值，即兩個(gè)親本的平均值，記為 。親本離中親值的距離為a，或者說(shuō) ，即a為大值親本（QQ）與小值親本（qq）之差的一半，是正值。F1離中親值m的離差為d，其值可正可負(fù)（圖5）。親本與中親值之差a稱為加性效應(yīng)，F(xiàn)1與中親值之差d稱為顯性效應(yīng)，這就是經(jīng)典數(shù)量遺傳中的加顯性遺傳模型[3]。Q對(duì)q并不一定具有顯性，只表示取較大值或有較大的效應(yīng)，所以可以是無(wú)顯性，可以是部分顯性，也可以是完全顯性或超顯性[3]。 QTL作圖中常用2、1和0分別表示3種標(biāo)記或QTL的基因型，以親本Harrington和TR306衍生的大麥DH群體[4,8,16]為例。親本Harrington和TR306的平均粒重分別為38.7 mg和45.0 mg，QTL作圖時(shí)分別用2表示Harrington的標(biāo)記型、0表示TR306的標(biāo)記型。因此如果加性效應(yīng)為正，說(shuō)明Harrington攜帶的等位基因起到增加粒重的作用，TR306攜帶的等位基因則起到降低粒重的作用；如果某個(gè)QTL加性效應(yīng)為負(fù)值，說(shuō)明Harrington攜帶的等位基因起到降低粒重的作用，TR306攜帶的等位基因則起到增加粒重的作用。從表5的結(jié)果來(lái)看，9個(gè)被檢測(cè)到的控制粒重的QTL中有6個(gè)具有負(fù)的加性效應(yīng)，說(shuō)明這6個(gè)QTL上提高粒重的等位基因來(lái)源于粒重較高的親本TR306，但親本Harrington在qKWT2-1、qKWT2-3和qKWT3-2這3個(gè)QTL上攜帶著提高粒重的等位基因，這些基因解釋了群體中的超親分離現(xiàn)象。育種中高粒重一般來(lái)說(shuō)是理想性狀，因此在利用粒重QTL作圖結(jié)果開(kāi)展單標(biāo)記或區(qū)間標(biāo)記輔助選擇時(shí)，對(duì)qKWT2-1、qKWT2-3和qKWT3-2應(yīng)該選擇親本Harrington的標(biāo)記類型，其他QTL應(yīng)該選擇親本TR306的標(biāo)記類型，這樣才能選擇到所有增加粒重的等位基因。 引自:數(shù)量性狀基因定位研究中若干常見(jiàn)問(wèn)題的分析與解答 李慧慧 張魯燕 王建康* |
4樓2019-08-12 10:48:38
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