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風(fēng)吹雪下金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
季銨鹽的優(yōu)化
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| 我采用的DMAEMA合成的季銨鹽,那么各位指導(dǎo)一下，在建立了帶一個(gè)N原子帶一個(gè)正電荷的季銨鹽分子以后，怎么優(yōu)化才能保證電荷的正確分布，如果把季銨鹽做成聚合物又怎么優(yōu)化呢？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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我說(shuō)的原子類型和手動(dòng)改formal charge跟你后面算電勢(shì)分布的力場(chǎng)或者方法都沒(méi)有關(guān)系。首先你得確保原子類型和電荷數(shù)的正確。 比如sybyl里面，你可以查看total charge,確保整個(gè)分子是+1價(jià)，不是的話可能是季銨的N有問(wèn)題，查看一下原子類型，看對(duì)不對(duì)，不對(duì)改過(guò)來(lái)，再把N的formal charge改成+1。 至于之后你用什么力場(chǎng)算電勢(shì)，都無(wú)所謂了，看你自己有沒(méi)有需要跟別的軟件對(duì)應(yīng)上，沒(méi)特殊要求的話默認(rèn)都無(wú)所謂了。 |
4樓2013-04-20 01:37:15
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6樓2013-04-22 20:23:45
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【答案】應(yīng)助回帖
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我想自己建的模型結(jié)構(gòu)的話，只可能自己檢查修改好原子類型，鍵類型和formal charge的正確性，然后每個(gè)原子上的電荷分布根據(jù)你自己用的力場(chǎng)，具體參數(shù)什么的就不一樣了，這個(gè)就不是你賦予的了，是用力場(chǎng)方法算出來(lái)的。當(dāng)然如果你這里不知道文獻(xiàn)用的方法，但是想用文獻(xiàn)中一模一樣的電荷分布，就自己在相應(yīng)的計(jì)算輸入文件里改。比如AMBER的話就是修改mol2文件，然后生成.lib和frcmod文件，就可以用自己定義的電荷參數(shù)了。 對(duì)于完全量子模擬的軟件，我就不太清楚具體的修改操作了。希望有幫助。 |
7樓2013-04-23 05:20:56
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8樓2013-04-23 05:24:38
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9樓2013-04-23 08:40:13
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10樓2013-04-24 02:51:57
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