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zhanghh1127

金蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
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在線: 99.3小時(shí)
蟲號(hào): 1542134
注冊(cè): 2011-12-18
性別: GG
專業(yè): 生物信息學(xué)

[求助] ML法建樹的源文件

希望得到一個(gè)ML法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的源文件*.nxs在不考慮模型的情況下可以直接拿來在PAUP里面運(yùn)行得到結(jié)果的
運(yùn)行有結(jié)果的可以再發(fā)金幣
還希望各位建樹方面的前輩幫幫忙我找到的命令是：
Begin Paup;
log file=ML.log;
Set criterion=likelihood;
Lset Base=(0.3413 0.2847 0.0895)
Nst=6 Rmat=(0.3885 3.5246 0.5305 0.4364 3.2970)
Rates=gamma Shape=0.5232 Pinvar=0.2613;
Hsearch start=nj nchuck=2 chuckscore=5 dstatus=none;
savetrees format=nexus brlens=yes append=yes file=likelihood;
lscores 1/scorefile=likelihood.sf append=yes;
set root=outgroup;
outgroup 27 28;
showtrees all;
log stop;
end;
但是這個(gè)命令得到的結(jié)果，我找不到支持率跟步長(zhǎng)值

[ Last edited by zhanghh1127 on 2013-4-17 at 12:19 ]

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