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gaussian halt optimization without error message in out file
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when I use gaussian 03 to do optimization ,why it always halt without any error hint in the out file? my system is a complex with a ligand and its part of active pocket in the protein This is my out file: thanks input file :.com output file:.out mol2 file:.mol2 |
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2樓2013-04-16 13:11:56
3樓2013-04-16 20:10:19
4樓2013-04-16 23:23:54
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我的體系是一個配體及其附近蛋白質(zhì)活性口袋的一部分 而 合并而成的一個分子 我再詳細(xì)的說一下我作此優(yōu)化的背景： 因為我想做以分子對接（受體）為基礎(chǔ)的3D-QSAR建模 做對接前小分子需要經(jīng)過一系列前處理 我先是從蛋白質(zhì)復(fù)合物中摳出配體分子，然后以此分子為模板構(gòu)建引用的文獻(xiàn)中其他類似結(jié)構(gòu)的分子 在sybyl上搭建好這些分子后，我想知道到底是直接minimize后的構(gòu)象直接用于autodock分子對接好，還是先minimize再系統(tǒng)搜尋，每個分子從中選取前20個能量最低的構(gòu)象分別進(jìn)行高斯優(yōu)化，得到每個分子能量最低的構(gòu)象后，再進(jìn)行autodock分子對接好呢？ 因此，我為了驗證這個問題，采取以下方法： 1 拿從上述晶體復(fù)合物中直接摳出的配體分子，加其附近的一部分蛋白質(zhì)活性口袋做為一個分子，來用高斯軟件進(jìn)行優(yōu)化 ，得到一個能量值 2拿從上述晶體復(fù)合物中直接摳出的配體分子，經(jīng)minimize 系統(tǒng)搜尋 從中選取前20個能量最低的構(gòu)象分別進(jìn)行高斯優(yōu)化，得到每個分子能量最低的構(gòu)象后，再進(jìn)行autodock分子對接后得到的該分子構(gòu)象， 加其附近的一部分蛋白質(zhì)活性口袋做為一個分子，來用高斯軟件進(jìn)行優(yōu)化 ，得到一個能量值 來比較這兩個分子能量的高低，從而判斷到底哪種構(gòu)象用于分子對接較為合適 |
5樓2013-04-16 23:37:39
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我再詳細(xì)的說一下我作此優(yōu)化的背景： 因為我想做以分子對接（受體）為基礎(chǔ)的3D-QSAR建模 做對接前小分子需要經(jīng)過一系列前處理 我先是從蛋白質(zhì)復(fù)合物中摳出配體分子，然后以此分子為模板構(gòu)建引用的文獻(xiàn)中其他類似結(jié)構(gòu)的分子 在sybyl上搭建好這些分子后，我想知道到底是直接minimize后的構(gòu)象直接用于autodock分子對接好，還是先minimize再系統(tǒng)搜尋，每個分子從中選取前20個能量最低的構(gòu)象分別進(jìn)行高斯優(yōu)化，得到每個分子能量最低的構(gòu)象后，再進(jìn)行autodock分子對接好呢？ 因此，我為了驗證這個問題，采取以下方法： 1 拿從上述晶體復(fù)合物中直接摳出的配體分子，加其附近的一部分蛋白質(zhì)活性口袋做為一個分子，來用高斯軟件進(jìn)行優(yōu)化 ，得到一個能量值 2拿從上述晶體復(fù)合物中直接摳出的配體分子，經(jīng)minimize 系統(tǒng)搜尋 從中選取前20個能量最低的構(gòu)象分別進(jìn)行高斯優(yōu)化，得到每個分子能量最低的構(gòu)象后，再進(jìn)行autodock分子對接后得到的該分子構(gòu)象， 加其附近的一部分蛋白質(zhì)活性口袋做為一個分子，來用高斯軟件進(jìn)行優(yōu)化 ，得到一個能量值 來比較這兩個分子能量的高低，從而判斷到底哪種構(gòu)象用于分子對接較為合適 |
6樓2013-04-16 23:37:58
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我再詳細(xì)的說一下我作此優(yōu)化的背景： 因為我想做以分子對接（受體）為基礎(chǔ)的3D-QSAR建模 做對接前小分子需要經(jīng)過一系列前處理 我先是從蛋白質(zhì)復(fù)合物中摳出配體分子，然后以此分子為模板構(gòu)建引用的文獻(xiàn)中其他類似結(jié)構(gòu)的分子 在sybyl上搭建好這些分子后，我想知道到底是直接minimize后的構(gòu)象直接用于autodock分子對接好，還是先minimize再系統(tǒng)搜尋，每個分子從中選取前20個能量最低的構(gòu)象分別進(jìn)行高斯優(yōu)化，得到每個分子能量最低的構(gòu)象后，再進(jìn)行autodock分子對接好呢？ 因此，我為了驗證這個問題，采取以下方法： 1 拿從上述晶體復(fù)合物中直接摳出的配體分子，加其附近的一部分蛋白質(zhì)活性口袋做為一個分子，來用高斯軟件進(jìn)行優(yōu)化 ，得到一個能量值 2拿從上述晶體復(fù)合物中直接摳出的配體分子，經(jīng)minimize 系統(tǒng)搜尋 從中選取前20個能量最低的構(gòu)象分別進(jìn)行高斯優(yōu)化，得到每個分子能量最低的構(gòu)象后，再進(jìn)行autodock分子對接后得到的該分子構(gòu)象， 加其附近的一部分蛋白質(zhì)活性口袋做為一個分子，來用高斯軟件進(jìn)行優(yōu)化 ，得到一個能量值 來比較這兩個分子能量的高低，從而判斷到底哪種構(gòu)象用于分子對接較為合適 |
7樓2013-04-16 23:38:08
8樓2013-04-16 23:38:38
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