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liudoudou88新蟲 (初入文壇)
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[求助]
Gramacs 水球
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| 請(qǐng)問Gramacs能不能做出一個(gè)水球呢？我知道可以做出立方體的邊界條件，不知道能不能做水球的，要怎么做呢？ |
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sikasun
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3樓2013-04-19 10:38:19
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2013-04-18 07:56:54
liudoudou88: 金幣+3, ★有幫助 2013-04-21 09:24:24
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liudoudou88: 金幣+3, ★有幫助 2013-04-21 09:24:24
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單純的周期性邊界條件下是不可能有球形的simulation box的，但是你可以用正十二面體dodecahedron的盒子來近似，這個(gè)gromacs里應(yīng)該可以設(shè)置的。 另外，我個(gè)人感覺，在一些疏水表面，由于表面的疏水性和水的內(nèi)聚力，水分子會(huì)在表面上自然形成球狀液滴，模擬這樣的體系其實(shí)和你simulation box是什么形狀沒有太大關(guān)系，即使你把這樣的體系放在正方體的盒子里，水分子還是會(huì)形成液滴。 |
2樓2013-04-18 01:43:43
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