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qdwmq木蟲 (正式寫手)
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到底何謂“系統(tǒng)生物學(xué)”？ 已有1人參與
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因?yàn)樽罱３Ｂ犎颂崞稹跋到y(tǒng)生物學(xué)”，遂想讀幾本書了解一下，但在選購圖書時(shí)，犯了難，書名都有“系統(tǒng)生物學(xué)”，但從目錄看，內(nèi)容幾乎大相徑庭，詳情見下，到底何謂“系統(tǒng)生物學(xué)”，希望能有高人指點(diǎn)，多謝了。 第一本：系統(tǒng)生物學(xué)——建模，分析，模擬 作 者：雷錦誌 著 出 版 社：上�？茖W(xué)技術(shù)出版社 出版時(shí)間：2010-9-1 版 次：1頁 數(shù)：196字 數(shù)：283000 印刷時(shí)間：2010-9-1開 本：16開紙 張：膠版紙 印 次：1I S B N：9787547804872包 裝：平裝 第1章 生物化學(xué)反應(yīng)的數(shù)學(xué)描述 §1.1 生化反應(yīng)系統(tǒng) §1.2 化學(xué)主方程 1.2.1 方程的建立 1.2.2 方程的性質(zhì) 1.2.3 吉菜斯皮算法 §1.3 化學(xué)速率方程 1.3.1 方程的建立 1.3.2 漲落耗散定理 §1.4 化學(xué)朗之萬方程 1.4.1 方程的建立 1.4.2 隨機(jī)積分的簡單討論 1.4.3 τ跳躍算法 §1.5 �？藸�-普朗克方程 §1.6 反應(yīng)速率隨時(shí)間變化的生化反應(yīng)系統(tǒng) 1.6.1 外部噪聲干擾下的反應(yīng)速率 1.6.2 推廣的化學(xué)朗之萬方程 1.6.3 伊藤積分與斯特拉托諾維奇積分 1.6.4 有色噪聲 §1.7 小結(jié) 習(xí)題 第2章 基因表達(dá)的數(shù)學(xué)描述 §2.1 遺傳信息的傳遞與基因表達(dá) §2.2 基因表達(dá)的內(nèi)蘊(yùn)隨機(jī)性 2.2.1 模型的建立 2.2.2 平衡態(tài) 2.2.3 靜態(tài)漲落 2.2.4 內(nèi)蘊(yùn)隨機(jī)效應(yīng) §2.3 基因表達(dá)中的外部噪聲 2.3.1 模型的建立 2.3.2 平衡態(tài) 2.3.3 靜態(tài)漲落 2.3.4 外部噪聲對基因表達(dá)的影響 §2.4 小結(jié) 習(xí)題 第3章 基因調(diào)控的數(shù)學(xué)模型 §3.1 數(shù)學(xué)基礎(chǔ) 3.1.1 尺度分析 3.1.2 米氏函數(shù)和希爾函數(shù) 3.1.3 洛姆周期圖 §3.2 正反饋調(diào)控與雙穩(wěn)態(tài) 3.2.1 乳糖操縱子 3.2.2 數(shù)學(xué)模型 3.2.3 平衡態(tài)分析 §3.3 噪聲與細(xì)胞狀態(tài)的切換 3.3.1 乳糖操縱子基因的狀態(tài)切換 3.3.2 入噬菌體阻抑物基因的表達(dá)調(diào)控 3.3.3 內(nèi)部噪聲誘導(dǎo)的狀態(tài)切換 §3.4 負(fù)反饋調(diào)控和生物振蕩 3.4.1 阿特金森振子 3.4.2 隨機(jī)激勵振子 3.4.3 帶時(shí)滯的負(fù)反饋調(diào)控 3.4.4 節(jié)律振蕩 §3.5 小結(jié) 習(xí)題 第4章 信號分子濃度梯度形成的數(shù)學(xué)模型 §4.1 反應(yīng)擴(kuò)散方程的建立和模擬 4.1.1 一維守恒率方程 4.1.2 流的不同形式 4.1.3 初邊值條件 4.1.4 高維守恒率方程 4.1.5 反應(yīng)擴(kuò)散方程的數(shù)值解 §4.2 形態(tài)發(fā)生素與胚胎的發(fā)育 4.2.1 形態(tài)發(fā)生素 4.2.2 Decapentaplegic與果蠅翅膀的發(fā)育 §4.3 形態(tài)發(fā)生素的擴(kuò)散與數(shù)學(xué)模型的建立 4.3.1 模型A：自由擴(kuò)散和與受體的結(jié)合 4.3.2 模型B：自由擴(kuò)散，與受體結(jié)合，信號分子的降解 4.3.3 模型C：配體與受體的結(jié)合和離解，通過復(fù)合體的擴(kuò)散 §4.4 小結(jié) 習(xí)題 第5章 造血系統(tǒng)的數(shù)學(xué)模型 §5.1 一些數(shù)據(jù) §5.2 造血干細(xì)胞數(shù)量變化的數(shù)學(xué)模型 5.2.1 細(xì)胞周期與休眠期 5.2.2 數(shù)學(xué)模型的建立 5.2.3 反饋調(diào)控函數(shù) 5.2.4 參數(shù)估計(jì) §5.3 干細(xì)胞模型的動力學(xué)分析 5.3.1 無量綱化方程 5.3.2 平衡態(tài)分析 §5.4 周期性白細(xì)胞減少癥的動力學(xué)模型 5.4.1 模型介紹 5.4.2 參數(shù)估計(jì) 5.4.3 平衡點(diǎn)的存在性 5.4.4 平衡點(diǎn)穩(wěn)定性與分岔分析 5.4.5 粒細(xì)胞集落刺激因子治療 §5.5 小結(jié) 習(xí)題 第6章 霍奇金-赫胥黎方程 §6.1 離子通道與能斯特方程 §6.2 細(xì)胞膜模型 §6.3 離子通道的門控機(jī)制 6.3.1 門控機(jī)制的數(shù)學(xué)描述 6.3.2 莫里斯-萊卡爾模型 §6.4 霍奇金-赫胥黎方程 6.4.1 實(shí)驗(yàn)結(jié)果 6.4.2 離子通道的門控假設(shè) 6.4.3 方程的建立 §6.5 電纜方程和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)動力學(xué)方程 6.5.1 電纜方程 6.5.2 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)動力學(xué)方程 §6.6 小結(jié) 習(xí)題 附錄A 常微分方程 §1.1 常微分方程模型 §1.2 二階微分方程 §1.3 二階常微分方程邊值問題的數(shù)學(xué)基礎(chǔ) 附錄B 隨機(jī)微分方程 §2.1 隨機(jī)微分方程與隨機(jī)積分 §2.2 伊藤公式 §2.3 �？藸栆黄绽士朔匠� §2.4 隨機(jī)微分方程數(shù)值方法 2.4.1 1.0階差分格式 2.4.2 瑪爾薩利亞隨機(jī)數(shù)發(fā)生器 附錄C XPPAUT軟件使用介紹 §3.1 建立ODE文件 §3.2 運(yùn)行和退出程序 §3.3 保存結(jié)果 §3.4 相平面分析 §3.5 分岔分析 §3.6 通過腳本語言運(yùn)行XPPAUT 參考文獻(xiàn) 索引 第二本：系統(tǒng)生物學(xué) 叢 書 名：21世紀(jì)高等院校教材 作 者：張自立，王振英 編著 出 版 社：科學(xué)出版社 出版時(shí)間：2009-7-1 版 次：1頁 數(shù)：160字 數(shù)：202000 印刷時(shí)間：2009-7-1開 本：16開紙 張：膠版紙 印 次：1I S B N：9787030249845包 裝：平裝 前言 第1章 系統(tǒng)生物學(xué)概況 1.1 從分子生物學(xué)到系統(tǒng)生物學(xué) 1.1.1 分子生物學(xué)的誕生及發(fā)展 1.1.2 “基因決定論”和“還原論”的局限性 1.1.3 轉(zhuǎn)向整體論新潮流 1.1.4 系統(tǒng)生物學(xué)的產(chǎn)生和發(fā)展 1.2 系統(tǒng)生物學(xué)的定義和研究內(nèi)容 1.2.1 系統(tǒng)生物學(xué)的定義 1.2.2 系統(tǒng)生物學(xué)的研究內(nèi)容 1.3 系統(tǒng)生物學(xué)的研究 1.3.1 系統(tǒng)生物學(xué)的基本工作流程 1.3.2 系統(tǒng)生物學(xué)的研究方法 1.4 系統(tǒng)生物學(xué)的應(yīng)用前景 主要參考文獻(xiàn) 第2章 基因組學(xué) 2.1 基因組學(xué)的提出及其任務(wù) 2.2 人類基因組計(jì)劃 2.2.1 人類基因組計(jì)劃的研究目標(biāo)及技術(shù)路線 2.2.2 人類基因組計(jì)劃的作圖 2.2.3 人類基因組計(jì)劃的測序 2.2.4 人類基因組計(jì)劃的信息處理 2.2.5 人類基因組研究計(jì)劃進(jìn)展 2.3 基因組學(xué)及其分支學(xué)科 2.3.1 功能基因組學(xué) 2.3.2 比較基因組學(xué) 2.3.3 藥物基因組學(xué) 主要參考文獻(xiàn) 第3章 轉(zhuǎn)錄組學(xué) 3.1 轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組學(xué) 3.1.1 轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組學(xué)的定義 3.1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究內(nèi)容 3.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究方法 3.2.1 高通量mRNA表達(dá)分析技術(shù) 3.2.2 基因表達(dá)系列分析技術(shù) 3.2.3 轉(zhuǎn)錄物編目的研究方法 3.2.4 繪制動態(tài)轉(zhuǎn)錄物圖的研究方法 3.2.5 轉(zhuǎn)錄物調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò) 3.3 對轉(zhuǎn)錄物研究的新突破 3.3.1 轉(zhuǎn)錄物的多樣性 3.3.2 非編碼RNA的類型和功能 主要參考文獻(xiàn) 第4章 蛋白質(zhì)組學(xué) 4.1 蛋白質(zhì)組學(xué)的產(chǎn)生 4.2 蛋白質(zhì)組及蛋白質(zhì)組學(xué)的概念 4.3 雙向凝膠電泳 4.3.1 雙向凝膠電泳(2-DE)原理 4.3.2 圖像分析與數(shù)據(jù)庫構(gòu)建 4.4 生物質(zhì)譜技術(shù) 4.4.1 種類及其原理 4.4.2 肽質(zhì)量指紋譜鑒定技術(shù)(PMF) 4.4.3 肽序列標(biāo)簽串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)(PST) 4.4.4 翻譯后修飾蛋白質(zhì)的鑒定 4.5 蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫 4.6 蛋白質(zhì)芯片技術(shù) 4.6.1 蛋白質(zhì)芯片的制備 4.6.2 靶蛋白與捕捉分子結(jié)合情況檢測 4.7 分析蛋白質(zhì)一蛋白質(zhì)相互作用的酵母雙雜交系統(tǒng) 4.7.1 酵母雙雜交系統(tǒng)的基本原理 4.7.2 酵母雙雜交系統(tǒng)的改進(jìn) 4.8 蛋白質(zhì)組研究進(jìn)展 4.8.1 病毒蛋白質(zhì)組研究 4.8.2 細(xì)菌蛋白質(zhì)組研究 4.8.3 釀酒酵母蛋白質(zhì)組研究 4.8.4 多細(xì)胞生物蛋白質(zhì)組研究 主要參考文獻(xiàn) 第5章 糖組學(xué) 5.1 糖組與糖組學(xué)的研究內(nèi)容 5.2 糖組學(xué)在生命科學(xué)中的意義 5.2.1 蛋白質(zhì)組學(xué)必須面對糖蛋白 5.2.2 糖蛋白的定義 5.2.3 聚糖和糖蛋白的生物學(xué)作用 5.3 糖組學(xué)的研究方法 5.3.1 對2-DE分離糖蛋白結(jié)合質(zhì)譜技術(shù)的改進(jìn) 5.3.2 聚糖分子的微陣列技術(shù) 5.3.3 用敲除基因及轉(zhuǎn)基因技術(shù)研究聚糖分子引起的表型變化 5.4 糖組學(xué)的國際合作和數(shù)據(jù)庫 主要參考文獻(xiàn) 第6章 代謝物組學(xué) 6.1 代謝物組學(xué)的定義和研究任務(wù) 6.1.1 代謝物組學(xué)的定義 6.1.2 代謝物組學(xué)的研究任務(wù) 6.2 研究代謝物組學(xué)的意義 6.2.1 代謝物組學(xué)是基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的補(bǔ)足 6.2.2 代謝物組學(xué)在醫(yī)藥界的應(yīng)用 6.3 代謝物組學(xué)的研究方法 6.3.1 代謝物組的研究技術(shù)及其原理 6.3.2 用于代謝物組研究技術(shù)的比較 6.3.3 代謝物組分析的技術(shù)路線 6.4 代謝網(wǎng)絡(luò)的研究 6.4.1 代謝網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)特征 6.4.2 用“整合”與“干擾”研究代謝網(wǎng)絡(luò) 主要參考文獻(xiàn) 第7章 相互作用組學(xué) 7.1 相互作用組學(xué)的研究方法 7.1.1 大規(guī)模蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用研究技術(shù) 7.1.2 大規(guī)模遺傳學(xué)相互作用研究技術(shù) 7.2 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 7.2.1 丙型肝炎病毒(HCV)的蛋白質(zhì)相互作用 7.2.2 病原菌幽門螺桿菌的蛋白質(zhì)相互作用 7.2.3 酵母的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 7.2.4 果蠅的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 7.2.5 線蟲的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 7.2.6 人類的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 主要參考文獻(xiàn) 第8章 表型組學(xué) 8.1 什么是表型組學(xué) 8.1.1 基因型與環(huán)境的相關(guān)及互作 8.1.2 表型和表型組學(xué) 8.2 從基因組到表型組系統(tǒng)研究的方法 8.2.1 從大腸桿菌和酵母代謝缺失菌株預(yù)測生長表型 8.2.2 建立一種人類表型組——基因組的網(wǎng)絡(luò)聯(lián)系 8.2.3 微陣列技術(shù)在人類表型組、基因組和環(huán)境組系統(tǒng)研究中的應(yīng)用 8.3 從基因組到表型組研究有關(guān)的數(shù)據(jù)庫 主要參考文獻(xiàn) 第9章 數(shù)學(xué)建模和仿真的基礎(chǔ)知識 9.1 系統(tǒng)模型 9.1.1 什么是系統(tǒng) 9.1.2 什么是模型 9.1.3 生物系統(tǒng)中生化反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)的數(shù)學(xué)描述 9.1.4 生物系統(tǒng)中的質(zhì)量作用動力學(xué)模型 9.1.5 生物系統(tǒng)中有關(guān)細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的建模 9.2 系統(tǒng)仿真 9.2.1 什么是系統(tǒng)仿真 9.2.2 系統(tǒng)仿真軟件和相關(guān)數(shù)據(jù)庫 9.2.3 系統(tǒng)生物學(xué)采用仿真技術(shù)的實(shí)用成果 9.3 實(shí)例：微生物細(xì)胞的建模與仿真 9.3.1 微生物數(shù)學(xué)模型的種類 9.3.2 微生物細(xì)胞的建模 9.3.3 用于微生物細(xì)胞模型的仿真平臺 主要參考文獻(xiàn) 第10章 序列比對和數(shù)據(jù)庫搜索 10.1 數(shù)據(jù)庫中序列表示的格式 10.1.1 FASTA(或Pearson)格式舉例 10.1.2 GenBank flatfile格式舉例 10.2 序列比對 10.3 網(wǎng)絡(luò)比對 10.3.1 成對網(wǎng)絡(luò)比對研究 10.3.2 網(wǎng)絡(luò)對位排列的算法 10.4 數(shù)據(jù)庫中序列相似性檢索 10.4.1 FASTA程序 10.4.2 BLAST程序 10.5 用隱馬爾可夫模型預(yù)測新基因 10.5.1 隱馬爾可夫模型 10.5.2 用隱馬爾可夫模型預(yù)測新基因的舉例 10.6 用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu) 10.6.1 簡單神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型 10.6.2 多層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型 主要參考文獻(xiàn) 第11章 分子進(jìn)化模型與系統(tǒng)樹的構(gòu)建 11.1 蛋白質(zhì)編碼序列進(jìn)化 11.1.1 血紅蛋白α鏈的進(jìn)化距離和氨基酸替代率的估計(jì)” 11.1.2 氨基酸的替代矩陣 11.2 DNA序列的進(jìn)化 11.2.1 核苷酸替代數(shù)的估計(jì) 11.2.2 Kimura模型 11.3 系統(tǒng)樹的構(gòu)建 11.3.1 距離法 11.3.2 最大簡約法 11.3.3 最大似然法 11.3.4 分子系統(tǒng)樹的檢驗(yàn) 11.3.5 對分子系統(tǒng)樹的爭議 11.4 分子系統(tǒng)發(fā)育軟件 主要參考文獻(xiàn) |
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