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xinmutian鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
研究紫花苜蓿未知基因的方法一般有哪些
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| 高通量測序后一堆的數(shù)據(jù)怎么找出與自己研究有關(guān)的基因？之后怎么研究？？怎么確定這些基因就是我們所研究性狀的控制基因呢？？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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1. 如何找出與自己研究有關(guān)的基因？：首先用其他物種（比如模式植物擬南芥）的基因序列去blast紫花苜蓿的測序結(jié)果，找到相關(guān)基因的同源序列，這些序列很可能就是擬南芥基因在紫花苜蓿里有對應(yīng)功能的基因。 2. 之后怎么研究？通常在擬南芥里都是敲掉這個(gè)基因看表型。估計(jì)紫花苜蓿還沒有相應(yīng)的突變體庫，很難找到突變體。如果可以做轉(zhuǎn)化的話，那就做microRNA之類的去敲除相應(yīng)基因�；蛘甙讶L基因克隆出來也是個(gè)不錯(cuò)的結(jié)果，然后提交序列到genebank。 3. 如何確定這些基因就是我們所研究性狀的控制基因呢？跟第二個(gè)問題相關(guān)，一來如果可以把這些基因敲除做出突變體，就可以看突變體的性狀是不是自己預(yù)期的；二來可以克隆紫花苜蓿中的基因，看能不能complement擬南芥相應(yīng)突變體的表型。 先說這么多吧，希望對樓主有幫助。 |
2樓2013-04-24 09:35:53
xinmutian
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3樓2013-04-24 22:00:15
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【答案】應(yīng)助回帖
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未知基因和假定蛋白就沒有辦法了，即使是研究比較多的擬南芥也有很多很多不知道功能的基因�；蛟S你可以擴(kuò)展一下去別的物種里找找，有些基因的功能在不同物種間非常保守，我們很多時(shí)候就是找yeast里面的同源基因來研究擬南芥里基因的功能。所以要盡量找到并重點(diǎn)關(guān)注有信息的研究過的基因。 確定基因和性狀的對應(yīng)關(guān)系，我們在擬南芥里基本就是突變體的表型分析。研究未知基因確實(shí)比較難，建議還是跟老板或者做過紫花苜蓿這個(gè)物種的人多商量。不要發(fā)愁，多了解，多看文獻(xiàn)，慢慢來。 |
4樓2013-04-25 03:14:05
xinmutian
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